6502芯片有一组相对基础的指令集，很多指令包含相似的功能（例如：内存访问，算术计算等）。下面这些表单列出了6502芯片使用的全部56条指令集。
存取操作指令（Load/Store Operations）
这些指令用来在内存和某一个寄存器之间传输一个字节的数据，读取（Load）指令操作根据所传输的数据来设置负位标志（Negative Flag,简写为N）和零标志（Zero Flag，简写为Z）。存储(Store)指令执行不会影响标志位的值。
| 指令名称 | 指令功能 | 影响标志位 |
|---|---|---|
| LDA | 读取（加载）累加器（Load Accumulator） | N,Z |
| LDX | 读取（加载）X寄存器（Load X Register） | N,Z |
| LDY | 读取（加载）Y寄存器（Load Y Register） | N,Z |
| STA | 存储到累加器（Store Accumulator） | |
| STX | 存储到X寄存器（Store X Register） | |
| STY | 存储到Y寄存器（Store Y Register） |
寄存器传输指令（Register Transfers）
这些指令可以将X和Y寄存器中的内容传输到累加器中，并根据传输情况适当的设置负位标志（N）和零标志（Z）。
| 指令名称 | 指令功能 | 影响标志位 |
|---|---|---|
| TAX | 将数据从累加器传输到X寄存器（Transfer accumulator to X ） | N,Z |
| TAY | 将数据从累加器传输到Y寄存器（Transfer accumulator to Y ） | N,Z |
| TXA | 将数据从X寄存器传输到累加器（Transfer X to accumulaoter） | N,Z |
| TYA | 将数据从Y寄存器传输到累加器（Transfer Y to accumulaoter） | N,Z |
堆栈操作指令（Stack Operations)
6502微处理器支持256字节堆栈，这个堆栈的内存地址固定在$0100至$01FF之间。一个特殊的8位寄存器S用于跟踪堆栈空间的下一个空闲字节。将字节压入堆栈就是将值存储在当前空闲位置(例如$0100,S)，然后堆栈指针从栈顶位置向下递减。弹出堆栈操作与压入堆栈过程相反。
堆栈寄存器只能通过与X寄存器相互传递数据实现访问。它的值可以通过压入/弹出指令、子程序调用和返回、中断和中断返回来自动修改。
| 指令名称 | 指令功能 | 影响标志位 |
|---|---|---|
| TSX | 将数据从栈指针传输到X寄存器（Transfer stack pointer to X） | N,Z |
| TXS | 将数据从X寄存器传输到栈指针（Transfer X to stack pointer ） | |
| PHA | 将数据从累加器压入堆栈（Push accumulator on stack） | |
| PHP | 将处理器状态压入堆栈（Push processor status on stack） | |
| PLA | 从堆栈中弹出数据到累加器（Pull accumulator from stack） | N,Z |
| PLP | 从堆栈中弹出处理器状态（Pull processor status from stack） | All |
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