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2022-01-17 单细胞数据库

2022-01-17 单细胞数据库

作者: 徐添添 | 来源:发表于2022-01-17 11:04 被阅读0次

    1GEO

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    直接发邮件要数据
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    10×数据提取3个文件或者一个表达矩阵

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    2EBI

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    点download


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    可以参考相同研究的marker基因用来注释;
    一般下载raw数据,不要标准化的数据

    3胖老大宝数据库

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    protocal筛选测序方法,点样本旁边的view,可以直接下载R.data


    基因检索功能

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    marker基因检索功能
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    文献知识库
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    胖老大宝总结
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    4HCA用来找对照样本

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    5scRNASeqDB


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    检索基因在不同细胞中的表达水平


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    检索细胞
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    6BIsc

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    7cellmarker数据库用来注释细胞

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    数据库总结

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    数据检索:HCA用来找对照,scRNAseqDB可以检索细胞类型
    数据分析:panglaoDB有分析最新分析方法的文献
    研究基础:看别人是怎么设计课题,panglaoDB可以检索单基因,Broad institute有很多新研究的数据
    细胞注释:首选cellmarker,HCL是一个比较新的marker数据库

    其他

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