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P8-单细胞+外泌体蛋白组学||T细胞来源外泌体蛋白ECP参与系

P8-单细胞+外泌体蛋白组学||T细胞来源外泌体蛋白ECP参与系

作者: 信你个鬼 | 来源:发表于2022-07-18 10:07 被阅读0次

    T细胞在系统性红斑狼疮(SLE)的发病机制中起着关键作用。血清来源的外泌体在SLE患者中增加,并与疾病的严重程度相关。本研究旨在探讨T细胞来源的外泌体蛋白是否在SLE发病机制中发挥作用。

    文献信息

    • 标题:Induction of Interferon-γ and Tissue Inflammation by Overexpression of Eosinophil Cationic Protein in T Cells and Exosomes
    • 中文标题:T细胞和外泌体中的嗜酸性粒细胞阳离子ECP蛋白过表达诱导干扰素-γ和组织炎症
    • DOI(url): 10.1002/art.41920
    • 日期及杂志:January 2022, Arthritis & Rheumatology
    • 作者及单位: Tse-Hua Tan 国家卫生研究所,Zhunan,台湾 和贝勒医学院,休斯顿,德克萨斯州

    数据与方法

    单细胞数据分析

    • 样本来源:从野生型和lck-ecp转基因小鼠的脾脏和淋巴结中纯化小鼠T细胞
    • 测序平台:BD Rhapsody Single-Cell Analysis System
    • 分析软件:BD SeqGeq software (BD Biosciences) and the R package Seurat

    数据没有公开

    外泌体组学数据分析

    • 样本类型:小鼠的脾脏、淋巴结或外周血分离离纯的T细胞
    • T cell–derived exosomes: LC-MS/MS analyses
    • 蛋白数据搜库:Mascot MS/MS Ion Search

    主要结果

    SLE患者T细胞来源的外泌体中CD9和CD63表面标记物的鉴定

    T细胞分泌的外泌体来源如下:系统性红斑狼疮(SLE)与健康对照患者的外周血,提取T细胞,细胞培养上清,提取外泌体

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    外泌体定性分析: 使用MACSPlex assays进行外泌体marker鉴定,37个单独的表面标记物抗体与荧光珠结合

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    与健康对照组(n=12)相比,来自SLE患者的T细胞上清液中T细胞来源的外泌体数量显著增加,在37例表面蛋白中,有16例外泌体表面蛋白增加。

    SLE患者中T细胞来源的CD9+、CD63+、CD62P+和CD45+外泌体的数量较高(>信号为20%),且与健康对照组相比显著增加。

    其中:CD9和CD63是两种众所周知的外泌体表面标记物。与对照组相比,T细胞来源的CD9+和CD63+外泌体在SLE患者中具有最高的倍数诱导率。

    来自SLE患者的T细胞来源的外泌体中存在ECP

    为了表征来自SLE患者的T细胞来源的外泌体特性,我们采用基于质谱的蛋白质组学分析了从SLE患者和健康对照中分离的T细胞来源的CD9+和CD63+外泌体。

    • 蛋白质组学数据:在SLE患者的T细胞来源CD9+外泌体和CD63+外泌体中分别有130个和140个蛋白过表达,而在健康对照组中没有过表达
    • 只有15例CD9+外泌体蛋白和21例CD63+外泌体蛋白在SLE患者中选择性富集,而在RA(类风湿性关节炎)患者中没有选择性富集
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    值得注意的是,在质谱分析中在所有5例SLE患者样本的T细胞外泌体中检测到一种蛋白得分最高的外泌体蛋白ECP:

    • 嗜酸性粒细胞阳离子蛋白(eosinophil cationic protein,ECP,也称人RNaseIII)
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    这个蛋白也在SLE患者T细胞中高表达,但是与正常组相比,在SLE患者血清中表达没有增加

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    以上结果表明:T细胞来源的外泌体ECP可能是SLE的一种生物标志物。因此,我们选择了富含SLE T细胞外泌体蛋白ECP来进行进一步的鉴定。

    后续的分析都是围绕ECP这个蛋白进行展开的工作了

    实验验证ECP蛋白在SLE发病机制中的作用

    为了研究富含SLE的外泌体ECP是否在SLE的发病机制中发挥重要作用,作者构建了一个lck-ECP转基因小鼠模型并进行了表征:

    • 首先,作者成功地让ECP在来自lck-ECP转基因小鼠的T细胞和T细胞来源的外泌体中过表达(图A)
    • 4周龄的lck-ecp转基因小鼠在胸腺和骨髓中显示出正常的T细胞和B细胞发育,
    • lck - ecp转基因小鼠外周血CD4+细胞数量轻度增加,CD8+细胞数量减少

    为了研究T细胞中ECP的过表达是否会导致小鼠的炎症反应,作者监测了小鼠的血清细胞因子水平:

    • 与野生型小鼠相比,2个月大的lck-ecp转基因小鼠自发地产生了血清中促炎细胞因子IFNγ水平的升高(图C)
    • 2月龄lck - ecp转基因小鼠血清中TNF、IL-1β和IL-6水平未见明显升高,而8月龄lck - ecp转基因小鼠血清中IL-1β和TNF水平较同期野生型小鼠升高(P = 0.076和P = 0.056)(图C)
    • 10个月大的lck - ecp转基因小鼠肝、肾、关节均有严重的炎症反应(图D)
    • 血清肌酐和甘油三酯水平的升高也提示了lck - ecp转基因小鼠肾炎和肝炎的发生(图E)

    为了研究含ECP的外泌体是否渗入肝和肾的炎症组织,从小鼠组织样本中分离外泌体并进行免疫印迹。验证了lck - ecp转基因小鼠组织中存在ecp阳性外泌体(图F)

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    随后,作者发现从lck - ecp转基因小鼠过继转移T细胞来源的外泌体后,受体小鼠发生了炎症反应,这个结果说明:T细胞来源的外泌体ECP有助于炎症反应。

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    随后,为了了解驱动lck - ecp转基因小鼠自发炎症反应的潜在T细胞反应,从8个月大的lck - ecp转基因小鼠中分离T细胞并进行单细胞RNA测序

    来自Lck-ECP和野生型小鼠的T细胞根据基因表达分为11个不同的聚类,分群聚类结果如下图:

    • 在T细胞中ECP过表达导致初始CD8+T细胞数量减少(cluster 3),效应CD8+T细胞数量增加(cluster 4),记忆性CD4+T细胞数量增加(cluster 2)
    • 在lck-ecp转基因小鼠T细胞中,CD28和CD69等51个基因的表达水平显著上调(>1.166倍;P<0.05)(图B)
    • cluster 2和4在Lck-ECP转基因小鼠T细胞中增强(图5A),两个cluster都显示了T细胞激活和炎症特征
    • 与野生型小鼠T细胞相比,GH是lck-ecp转基因小鼠T细胞中上调最多的基因(图B)
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    KEGG通路分析显示,在lck-ecp转基因小鼠T细胞中上调的51个基因分别属于TNF/NFκB信号通路、IL-2/STAT5信号通路、T细胞激活和炎症反应:

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    这些结果表明,ECP在T细胞中过表达可诱导T细胞活化和炎症反应

    lck-ecp转基因的小鼠T细胞显示了IL-21、CXCR5和诱导共刺激因子的mRNA的显著增加(图D),这些都是Tfh细胞的标记物

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    接着,作者把目光转向了Tfh细胞。

    为了研究lck-ecp转基因小鼠的Tfh细胞数量是否增加,采用流式细胞术分析小鼠脾细胞和骨髓细胞。

    • 结果发现,与野生型小鼠相比,8周龄的lckecp转基因小鼠中CD4+IL-21+T细胞和CD4+CXCR5+T细胞的百分比均有所增加;这2个T细胞亚群在16周龄小鼠中进一步增强(图A)
    • 与野生型小鼠相比,16周龄lck-8周龄ecp转基因小鼠脾脏中成熟B细胞(B220+CD21+)的百分比增加,而幼稚B细胞(B220+CD23+)的百分比降低(图B)
    • 在8周龄的lck-ecp转基因小鼠的骨髓中,血浆B细胞的百分比(B220lowCD138+)略有增加,而在16周龄的lck-ecp转基因小鼠的骨髓中则进一步增加(图C)
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    这些发现表明,在lck-ecp转基因小鼠中诱导Tfh细胞可导致血浆B细胞数量的增加,从而促进随后的自身抗体的产生。

    小结

    总的来说,作者首先就有自己关注的细胞亚群T细胞,直接研究了T细胞培养上清外泌体,提取外泌体做了蛋白组学分析,发现一个T细胞外泌体蛋白ECP,随后采用转基因小鼠模型对ECP在SLE患者中的作用机制进行了研究与验证,这个过程中使用了单细胞技术与流式细胞术,与一般的单细胞与外泌体联合分析思路有些不一样~

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