SNP

SNP通常联合基因表达进行分析

SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500~1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多

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• 1 、下载SNP数据
• 2、寻找突变频率最高的基因
• 3、接着根据突变进行分类，分为野生型和突变型
• 4、看野生型和突变型的基因表达是否有差异
• 5、看野生型和突变型的生存是否有差异

SNP（single nucleotide polymorphism），单核苷酸多态性，在基因组上由单个核苷酸变异形成的遗传标记，一般指变异频率大于1％的单核苷酸变异。

用英文的描述方法是这样的“If more than 1% of a population does not carry the same nucleotide at a specific position in the DNA sequence, then this variation can be classified as a SNP.”，值得注意的一个词是“population”同英文文章中对样本表述的“array”，指的是在一大群个体中出现大于1%个体中基因组DNA上某个特定位点碱基较参考基因组发生变化，则认为是一个SNP。

SNP发生的类型

SNP发生包括转换、颠换、插入和缺失，理论上每个位点都可以有4种形式的变异，但是实际上发生的只有转换和颠换两种，据说发生转换和颠换频率是2:1

A 腺嘌呤

G 鸟嘌呤

T 胸腺嘧啶

C 胞嘧啶

转换

［一种能量形式变成另外一种能量形式］，主要发生在CG序列，由于CG（可以联想一下研究DNA甲基化常谈到的CpG岛）中的C碱基常发生甲基化（mC），可自发脱氨形成胸腺嘧啶（T），即常常发生的转化是C to T。补充一点帮助大家记忆哈，脱氨基是不是伴随能量的变化，跟转换的基本概念完美衔接。

颠换

异型碱基的置换，一个嘌呤被另外一个嘧啶替换或一个嘧啶被另外一个嘌呤置换

SNP（singlenucleotide polymorphism），单核苷酸多态性，在基因组上由单个核苷酸变异形成的遗传标记，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富，一般指变异频率大于1％的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×10^6 个。因此，SNP成为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。

SNP发生的位置

一句话概括，SNP可以发生基因组的任何位置，基因编码区/基因非编码区/基因间区等，关系如下：

image.png

发生在编码区

先补充一个概念：密码子简并性（氨基酸对应三联密码子），所以发生SNP不一定会引起编码氨基酸的改变，

这就引入了Synonymous SNP（同义突变，不引起任何变化） 和Non-Synonymous SNP（非同义突变，大家关注的焦点）概念。

错义突变：编码的某种氨基酸的密码子变成另一种氨基酸密码子，从而多肽链的氨基酸种类和序列发生改变，错义突变通常会使多肽链丧失原有功能。

无义突变：编码某一氨基酸的密码子变成UAA、UGA或UAG（终止密码子），导致多肽链翻译的中止，从而形成一条不完整的多肽链。

发生在基因非编码区或基因间区

可能会影响转录因子与DNA结合、影响非编码RNA序列、影响基因的剪接、mRNA的降解等。

受到单核苷酸多态性（SNP）影响的基因表达被称为单核苷酸多态性表达（ESNP）。

三个碱基组成一个密码子，翻译成一个氨基酸，碱基的变异可导致不同种类的氨基酸的变化，比如：

一个氨基酸变成另一份氨基酸：错义突变（missense）

一个氨基酸变成终止密码子：无义突变（nonsense）

虽然碱基发生变化，但是编码的氨基酸没有变化：同义突变（silent）

注意这里的中英文对应关系哦，尤其是nonsense和silent。

移码突变（Frame shift）

1. 移码突变为一种特殊形式的del/ins，但是在描述的时候，不能列出缺失的那一部分的位置和氨基酸。

2. 突变后的第一个氨基酸未必对应DNA水平的突变碱基。