6 exomePeak2 callpeak＋差异

library(exomePeak2)

#BiocManager::install("exomePeak2")

#BiocManager::install("apeglm")

#install.packages("RcppNumerical")

setwd("/home/yifan/project/CZM/exo.m6A/Data/CleanData/fastp.results/4.hisat2.results")

#############批量 callpeak

# 注释文件

gtf = '/home/yifan/data/ref/mouse/mm10.ncbiRefSeq.gtf'

# input样本（control）

input_bam = c('LR22A21FY19.sorted.bam',

              'LR22A21FY20.sorted.bam',

              'LR22A21FY21.sorted.bam')

#input样本（treated）

input_bam.t = c('LR22A21FY22.sorted.bam',

                'LR22A21FY23.sorted.bam',

                'LR22A21FY24.sorted.bam')

# ip样本（control）

ip_bam = c('LR22A21FY13.sorted.bam',

           'LR22A21FY14.sorted.bam',

           'LR22A21FY15.sorted.bam')

# ip样本（treated）

ip_bam.t = c('LR22A21FY16.sorted.bam',

             'LR22A21FY17.sorted.bam',

             'LR22A21FY18.sorted.bam')

# 创建保存结果文件夹

#dir.create('../7.exomepeak2_data')

# 变量名,前为control；后为treated

name = c('1','2','3')

# 批量callpeak

lapply(1:3, function(x){

  exomePeak2(gff_dir = gtf,

             bam_ip = ip_bam[x],

             bam_input = input_bam[x],

             bam_treated_ip = ip_bam.t[x],

             bam_treated_input = input_bam.t[x],

             save_dir = paste('/home/yifan/project/CZM/exo.m6A/Data/CleanData/fastp.results/7.exomepeak2_data/',name[x],sep = ''),

             paired_end = T,

            # parallel = T,

             #p_cutoff = 0.00001,

             #log2FC_cutoff = 1,

             peak_calling_mode = "whole_genome")#  "exon"

             #mod_annot = MOD_ANNO_GRANGE

             #fragment_length = 150

}) -> result