本人因学习生信入门R语言，按照生信技能树JIMMY给的R包安装代码运行，有4个包未能顺利安装：GSEABase，GSVA，clusterProfiler和hgu133plus2.db。期间尝试过多种方法，最终顺利安装，下面介绍我最终顺利安装上包方法过程。

以下为顺利安装的过程：

1、关闭Rstudio，重新打开

　　此为关键步骤

2、运行以下命令行：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GSEABase")

BiocManager::install("GSVA")

BiocManager::install("clusterProfiler")

BiocManager::install("hgu133plus2.db")

参考：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GSEABase.html

3、检查是否真的装上了

library(GSEABase)

library(GSVA)

library(clusterProfiler)

library(hgu133plus2.db)

注意事项

        bioconductor上给出的安装方法其实是我在安装失败后第一个尝试的方法，所运行的代码也是一模一样的，但是并没有成功。期间我也重启过Rstudio，尝试其他方法。最后一次尝试，我关闭重启后再运行bioconductor上的这几行命令，就奇迹般地成功了，所以我认为第一步重启是关键。

顺便了解到的其他装包方法

1、手动安装法

        参考：https://blog.csdn.net/zdx1996/article/details/86629965

        不知道为什么我想要安装的GSEABase，GSVA，clusterProfiler和hgu133plus2.db没有在官网上找到，因此没有用到这一方法安装成功。

2、RForge安装法

        参考：https://blog.csdn.net/Un_Freaking_MAN/article/details/51538409    

        有的包不在CRAN里面，但是在RForge里有。这也是一个安装失败时可以使用的方法。

3、常规装包法

        参考：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3419243&do=blog&id=1202040

        使用命令：install.packages("name")

        或是在Rstudio中手动搜索安装，点击Install，再输入包名。

4、我在本次装包时尝试过的其他方法

        其他方法虽然并没有成功，但是我修改过一些设置，不知道对最后的成功是否有影响，所以在此我也列出我本次装包时尝试过的其他方法。

        参考：https://www.cnblogs.com/lph970417/p/11655371.html

                   https://blog.csdn.net/forevernull/article/details/48707703

        运行以下代码：

setRepositories(addURLs = c(CRANxtras = "http://cran.at.r-project.org/"))      #选了12345

install.packages("BiocInstaller", repos = "http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc")

5、最后一个参考链接

https://community.rstudio.com/t/package-s-not-available-for-r-3-6-0/30814/2

        这个上面解释了为什么会有“package is not avaliable”的现象。原因1是该包还没有为你的R版本和操作系统在CRAN上构建，原因2是该包来自non-CRAN库，可能来自于如GitHub或RForge。