生信软件BUSCO安装

现在得到一个文昌鱼组装基因组。我希望看看它的质量如何，也就是找组装基因组是否包含许多完整基因、以及N50序列是否达标等问题。

我看到网上教程都是自己去搞配置，设置环境变量，但是conda安装难道不香吗？BUSCO官网也给出了conda安装的方法：(最好是重新创造个python=3.8的conda环境）

conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3 

安装好之后，输入busco

报错信息

emm这是“biopython”出了问题了啊。然后我到上面提到的那个网址搜了一下，发现果然是conda安装的有问题。

gitlab 上的问题解答

这时，只要把biopython从1.78降到1.77就可以了

命令：conda install -y -c conda-forge  biopython=1.77    就可以覆盖安装了，而且神奇的是安装完就可以使用了，输入 busco -h 不会报错。

注：本来想用cegma那个软件，但好像六年前就停止运营了……（bilibili上看的教学视频太久远了）

如果你也遇到了同样的问题，应该会有帮助，不过过一段时间应该就修复这个bug了。

2020 09 15 补充：

这样即使安装上了，也不能使用，会报错。博主又尝试了安装busco 4.0.2的版本，和augustus 3.3.3 版本，发现可以使用。（还是需要biopython = 1.77）

注意这个软件只是看测序质量怎么样，虽然调用了augustus，但是它生成的文件比较乱，想要做从头基因注释，还是再用一次augustus吧！