R gzfile 读取压缩文件*gz

gzfile

#!/usr/bin/env Rscript
argv <- commandArgs(TRUE)
# 2.输入的数字按照字符串进行传参，所以如果需要传入数字的参数，则用as.numeric()函数进行转化。
print(argv[1])
bingz=argv[1]

#install.packages("R.utils")
#install.packages("ggplot2")

library(R.utils)
library("ggplot2")

for (i in list.files(path = ".", pattern = "*gz$")){
  #i="Male-CL100143738-L01_26.bin.gz"
  df=read.table(gzfile(i),header = T,sep=",")
  #head(df)
  df_new=df[df$chr==24,]

  png(paste0(i,".png"))
  p=ggplot(data=df_new, aes(x=pos, y=NormUR)) +geom_line(linetype = "dashed",color="blue")+ geom_point()
  print(p)
  dev.off()
  Sys.sleep(1) 
}