问题解决 | R语言devtools::install_gith

最近备课，各种原因，或许是网络或许是其他，在准备一个 R 包的时候不知为何一直报错。报错信息如下

> devtools::install_github("bmansfeld/QTLseqr")
Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
  Timeout was reached: [api.github.com] Resolving timed out after 10000 milliseconds
> devtools::install_github("bmansfeld/QTLseqr")
Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
  Line starting 'LinkingTo ...' is malformed!
> devtools::install_github("bmansfeld/QTLseqr")
Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
  Line starting 'LinkingTo ...' is malformed!

看起来是网络问题。但检测了字符串没问题。于是问 chatGPT 如何解决。

看起来不错，

git clone https://github.com/username/repo.git
R CMD build repo
R CMD INSTALL repo_0.1.tar.gz

大体意思就是，可以自己先 git clone。当然，我还是选择直接浏览器下载 .zip 压缩包，随后解压。

看起来不错，剩下问题就是解决几个依赖的包就行了。这些简单。
回到 R 环境

BiocManager::install(c("modeest","ggplot2","gtools","dplyr","readr","tidyr","locfit"))

搞定了，继续，还是失败了，不过有进步

发现方向搞错了，逻辑上我们不需要 build 什么文档,不过没事

tar -zcvf QTLseqr-master.tar.gz QTLseqr-master
R CMD install QTLseqr-master.tar.gz

ok。安装完成

写在最后

chatGPT真是生产力工具