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Conda 安装不同的R环境

Conda 安装不同的R环境

作者: 陈光辉_山东花生 | 来源:发表于2021-01-29 21:13 被阅读0次
    conda create -n R3.5 
    conda search R
    #注意修改CONDA本地镜像地址,否则有时候会出现错误。
        conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
        conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
        conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
        conda config --set show_channel_urls yes
    #注意要把.condarc文件里面的--default 选项删除否则有时候出错:CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.co
    #Ubuntu下
    vim .condarc #用户根目录下修改
    

    Windows下首先需要找到.condarc文件
    如果你不知道在哪的话可以这样
    win+R
    输入%HOMEPATH%


    在这里插入图片描述

    然后找到.condarc文件

    把里面的内容替换成下面的

    channels:
      - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
      - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
      - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
      - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
      - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    show_channel_urls: true
    ssl_verify: false
    

    conda下安装R

    conda search R
    conda install r=3.5.1
    

    修改国内镜像(非必须)

    options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
    #安装开发环境依赖
    sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
    
    #可以安装R包了
    install.packages("devtools")
    

    国内其他镜像
    China
    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ TUNA Team, Tsinghua University
    http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ TUNA Team, Tsinghua University
    https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ University of Science and Technology of China
    http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ University of Science and Technology of China
    https://mirror-hk.koddos.net/CRAN/ KoDDoS in Hong Kong
    https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/ Elite Education
    https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/ Lanzhou University Open Source Society
    http://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/ Lanzhou University Open Source Society
    https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN/ Tongji University
    https://mirrors.shu.edu.cn/CRAN/ Shanghai University

    R-安装、卸载、查看及卸除加载包

    1. 安装包

    install.packages("BiocInstaller")

    2. 卸载已安装包

    remove.packages("BiocInstaller")

    3. 查看已加载包

    (.packages())

    4. 卸除已加载包

    detach("package:BiocInstaller")

    5. 查看已安装的包

    installed.packages()

    6. 查看某个安装包提供的函数

    help(package="BiocInstaller")

    7. 查看某个函数属于哪个包

    help("biocLite")

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