劳动者的加班工资往往占据工资总额的大部分，而用人单位在加班费的问题上不注意风险防控，很多用人单位对加班费的规定非常随意，在劳动合同中会约定说工资已经包含加班费，单位无需再支付加班费，而劳动者在离职时往往不同意单位的单方面规定，要求用人单位支付之前的加班工资。加班费问题在劳资争议中占有很大的比重，主要有以下问题：
一、中层干部是否需支付加班费？很多用人单位认为中高层干部加班上很正常的，这是他们应尽的义务，已经支付高额的工资含加班工资。那么对中高层干部的加班如何规定呢？
根据《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第四条，企业对符合下列条件之一的职工，可以实行不定时工作制。
（一）企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工；
（二）企业中的长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工；
（三）其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工。
依据《中华人民共和国劳动法》第39条规定“企业因生产特点不能实行本法第36条、第38条规定的,经劳动行政部门批准,可以实行其他工作和休息办法。”针对中高层干部，可以制定不定时工作制，也叫无定时工时制，它没有固定工作时间的限制，是针对因生产特点、工作性质特殊需要或职责范围的关系，需要连续上班或难以按时上下班，无法适用标准工作时间或需要机动作业的职工而采用的一种工作时间制度，是现行的基本工作时间制度之一。
二、加班费的诉讼时效从何开始计算？
在劳动者尚未离开用人单位时一般很少讨要加班费，只有在离开用人单位时才敢主张自己的合法权益，而此时有的已经上班数年甚至十几年，那么它的加班费应当从何时开始计算呢？
根据《劳动争议调解仲裁法》第2 7条规定劳动争议仲裁时劳动者申请的时效为一年 ，时效计算从劳动者的劳动相关权利被侵害之日起。劳动者与用人单位的劳动争议仲裁时效因劳动者向用人单位主张权利或者向劳动行政部门请求权利救济或者用人单位同意履行义务而中断，劳动争议仲裁时效期间重新进行计算。
而加班费不同于工资，虽然也属于劳动报酬的范畴，但是在实践当中多数以两年为切割线，根据《工资支付暂行规定》第6条规定，有关涉及劳动者工资的情形，例如支付工资数额、支付工资时间、领取工资的劳动者姓名以及其签字等，用人单位必须以书面形式记录、记载，这些书面记录、记载用人单位须保存两年以上。根据《工资支付条例 》第1 7条规定 ,每一个用人单位应当建立规范的考勤制度，详细记录劳动者的出勤相关情况，劳动者应核对自己的考勤记录并签字。劳动考勤记录在用人单位保存时间不得少于二年。涉及劳动者工资发放记录以及单位对劳动者考勤记录等书面材料用人单位应妥善保管不得故意销毁、隐藏 、假冒、伪造、变造这些书面材料。在处理加班工资争议司法实践中有些地方法院考虑到很多用人单位考勤记录及加班工资记录等一般只保留二年，便以保存这些记录的两年标准作为对加班工资劳动争议进行权利保护的最长时效期间。例如根据《上海市高级人民法院民一庭关于审理劳动争议案件若干问题的解答》第七条规定劳动者实体追索劳动报酬的相关时效以二年为保护期限，对时间跨度超过二年以上的加班劳动报酬一般不予支持，除非用人单位对超过二年以上的劳动报酬没有异议。根据《广东省高级人民法院、广东省劳动争议仲裁委员会关于适用<劳动争议调解仲裁法 >、<劳动合同法 >若干问题的指导意见 ( 粤高 法发 [20 0 8 」1 3号) 》第2 9条规定，涉及超过两年的加班工资，对超过二年部分的加班工资，一般不予保护，由劳动者承担不利责任，除非劳动者提供超过两年部分的加班证据。
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