contigs与scaffolds

一、contigs

Contigs译为“重叠群”，指的是一组连续的重叠DNA序列。测序最初所得即为拥有重叠区的contigs。

二、scaffolds

Scaffolds译为“骨架序列”，指的是被序列间隙分开的序列重叠群。将拥有重叠DNA序列的片段拼接起来构成一个个Contig，某些Contigs因“序列间隙”而断开，这些Contigs按序排列成Scaffolds。而Scaffolds为物理间隙所隔断。

上面提到的“序列间隙”指的是那些测序时遗漏的序列，这些序列仍保留在尚未挑选到的克隆中。“物理间隙”则是构建文库时被丢失的DNA序列，它们可能从已知的克隆群体中永久性地消失了。

每个骨架序列的标记物被用来确定它在基因组图谱中的位置（类似克隆重叠群的定位，mapping）。例如，如果STS在基因组图谱中的位置是已知的，那么就可以通过确定骨架上含有哪种STS来对骨架进行定位。

参考文献

T. A. 布朗. 基因组3[M]. 第一版. 北京: 科学出版社, 2009.