KEGG

参考资料：
5分钟看懂KEGG代谢通路图
读研笔记: KEGG学习笔记
GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析

KEGG PATHWAY

pathway.png

该数据库将生物代谢通路（KEGG PATHWAY）划分为 7类，分别为：

• 细胞过程（Cellular Processes）
• 环境信息处理（Environmental Information Processing）
• 遗传信息处理（Genetic Information Processing）
• 人类疾病（Human Diseases）
• 新陈代谢（Metabolism）
• 生物体系统（Organismal Systems）
• 药物开发(Drug Development)

其中每类又被系统分类为二、三、四层。第二层目前包括有 43 种子功能(eg 1.1 Carbohydrate metabolism)；第三层即为其代谢通路图(eg. 00010 Glycolysis)；第四层为每个代谢通路图的具体注释信息。

KO截图.png

KO means KEGG orthology

KEGG identify

kegg identifier.png

KEGG的编号由前缀和后面5位数字组成，常用的前缀：

map      manually drawn reference pathway
ko      reference pathway highlighting KOs
ec      reference metabolic pathway highlighting EC numbers
rn      reference metabolic pathway highlighting reactions

来看代谢图：

如果是map开头的编号，图形如下：没有颜色，左下角有map编号

map00020.png

如果是ko开头的(eg. ko00020)，通路就会有颜色，如下， 这个紫色的通路表示的是一种不区分物种的，所有通路，它除了颜色与参考通路有所不同外，其余的都相同。而人类的通路图：hsa00020绿色的框代表人类这个物种特有的。

ko00020.png

然后就是熟悉代谢图里的东西了，EC: 3.1.3.9 代表酶， 小圆圈即C（compound），圆角矩形(eg. Propanoate metabolism)代表其他通路。

黑色箭头代表激活，T型头表示抑制，+p代表磷酸化，-p去磷酸化，+u泛素化，+g糖基化，+m甲基化，两个矩阵在一起代表复合体

这个我不太理解.png