蛋白质模拟 原理、发展和应用 王存新等编著

蛋白质模拟 原理、发展和应用 王存新等编著

本书对蛋白质分子模拟领域的原理、发展和应用，特别是对该领域的热点和难点问题，结合实际进行了深入的讨论。本书力求做到理论联系实际，学术思想新颖，内容主要包括分子动力学模拟方法、蛋白质复合物结构预测、用分子模拟方法研究蛋白质折叠、粗粒化模型、长程静电相互作用，以及药物分子设计方法与应用。

第一部分分子动力学模拟方法

第1章分子动力学模拟的原理、方法与进展

1.1引言

1.2生物大分子的经典力学模型与常见力场

1.2.1经典力学模型

1.2.2常见分子力场

1.3积分算法

1.3.1体系的动力学方程

1.3.2动力学方程的数值解法

1.4周期性边界条件

1.5约束条件动力学模拟

1.5.1SHAKE算法

1.5.2LINCS算法

1.6非键相互作用

1.6.1短程相互作用

1.6.2MD模拟中长程静电相互作用的常用算法

1.7恒温恒压分子动力学模拟

1.7.1温度控制方法

1.7.2压力控制方法

1.8溶剂模型

1.8.1隐含溶剂模型

1.8.2显含溶剂模型

1.9分子动力学模拟的主要步骤

1.10蛋白质分子动力学模拟的进展与前景

参考文献

第2章拉伸分子动力学模拟

2.1引言

2.2拉伸分子动力学模拟方法

2.3拉伸分子动力学模拟实例

2.3.1周质结合蛋白与配体相互识别研究

2.3.2抗癌多肽p28与肿瘤抑制蛋白p53的拉伸分子动力学研究

参考文献

第3章膜蛋白体系的分子动力学模拟

3.1引言

3.2膜蛋白分子动力学模拟研究进展

3.2.1膜的性质和脂质分子的类型

3.2.2膜蛋白的性质和类型

3.2.3分子动力学模拟在膜研究方面的应用