第一天

作者: 医学小咖成长之路 | 来源:发表于2018-06-28 08:23 被阅读0次

    GUI:图形用户界面

    今天任务:

    使用R和Rstudio运行R命令

    console:控制面板

    键入的代码称为命令,所在的行称为命令行。[1]表示返回结果中每一行第一个值在所有返回结果中的序号。

    命令行中对的冒号(:)运算符表示返回结果中的所有整数,可以快速得到数列。返回值为向量,也就是一维数组(有序的元素序列)

    +表示键入的命令不完整,R等待继续键入命令,或者按Esc重新键入。

    R不能识别该命令,出现报错。

    #是注释符号,R执行命令的过程中会忽视以#开头的命令行。

    取消命令:按ctrl+c可以临时终止正在运行的程序。

    创建R对象

    一组数据包含的元素很多,数据之间计算式如果每次键入数据元素就太麻烦了,于是就要给一组数据起个名字,数据之间计算的时候键入名字就可以了,起的名字成为对象。

    创建R对象时,先起一个名字,然后用赋值符号 <- 将数据储存到对象里面

    例如上图,将2+4起个名字叫a,a就代表了2+4,因此a+1就等于7

    每一个创建的对象都会显示在Rstudio的环境面板上

    R对象的命名原则:1、不要以数字开头;2、不要出现特殊符号

    R中是要区分大小写的A和a代表不同的对象

    如果对象名相同,那么后命名的对象会直接覆盖之前的对象,R不会给出提醒,所以要慎重不要起相同的名字,不然之前的数据就被覆盖了。如果拿不准名字是否冲突,就使用ls()命令,查看所有已经命名了的对象,如下图,或者在Rstudio的环境面板中查看。

    R使用元素方式执行,当数个向量之间进行运算时,R是将向量之间对应相同序列的元素进行计算,如下图:

    当一个向量的元素少于另一个向量元素时,就将短向量从头循环,再依次与长向量的对应元素进行运算,如下图(1:长向量元素为短向量元素整数倍;2:长向量元素不是短向量元素整数倍):

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    编写自己的R函数和脚本

    函数(function)使用方法:键入函数名,然后在括号中键入数据,键入的数据成为参数,参数可以是原始数据、R对象、或者另一个R函数的返回结果。

    如上图先对对象a取平均值(median),然后对平均值取四舍五入(round)。使用函数嵌套时,R从最里层向最外层进行运算。

    R函数的括号中可以设定多个参数,如上图:sample是抽样函数,x表示抽样的对象,size表示抽样的个数,replace=FALSE表示不可放回抽样;replace=TRUE表示可放回抽样。sample(x=a,size=2)就表示从对象a中随机抽取两个元素。参数之间用逗号隔开,键入代码时最好键入参数名称(x, size),这样有利于自己查错。如果想要查看一个函数的参数,可以通过args函数,如下图

    上图中round函数的参数digits为可选参数,R默认为0,表示四舍五入到小数点后0位,如果改成2就表示四舍五入到小数点后2位。其它函数中也存在digits这样的可选参数,如果不明确赋值,R就会使用其默认值。

    创建新函数:创建新函数和创建新对象一样,起个名字,然后键入一些列的代码。

    一个函数包括三个部分:函数名、程序主体、参数集合。

    构建新函数所需要函数function()并在其后加一对{},{}内的内容成为函数的主体。如创建R对象a<-1:50,从中随机抽取5个元素:sample(x=a,size=5,replace=TRUE),自定义一个函数能够每次随机从1到50个整数之间随机抽取5个数:

    c<-function(){a<-1:50

                                sample(x=a,size=5,replace=TRUE)}

    这里自定义的函数c就完成了,以后每次键入c(),R就会自动从1到50个整数中随机抽取5个。自定义过程中有三个注意事项:1、如果创建对象b<- sample(x=a,size=5,replace=TRUE),以后每次键入b,返回的结果都是一组特定的5个数字,也就是b的值每次都恒定,就随机抽一次;但如果不创建对象,以后每次键入sample(x=a,size=5,replace=TRUE),得到的是随机抽取的5个数字,每次都随机抽取。

    2、在自定义函数时,先键入function(){,在{后键入代码,每次结束后按回车跳入下一行,直到最后键入所有代码后,再键入}

    3、每次使用自定义的函数时需加入(),如果只是键入c,R仅仅显示这个函数储存的代码,键入c()则会运行这个函数储存的代码。函数最终显示的是最后一行代码返回的结果。

    如何设置函数的参数

    c<-function(a){ sample(x=a,size=5,replace=TRUE)}

    上式中,a即为c()的参数,每次计算式可以给a赋予不同的值,如从c(a=1:10)

    ,如果没有给a赋值,程序运行就会报错。出了每次给a赋值外,也可以给a设定默认值,如果不指定新值,那么就按照默认值计算:c<-function(a=1:10){ sample(x=a,size=5,replace=TRUE)}

    创建R脚本

    在console面板编写程序时,一旦前面的代码出了错,想要修正就只能从头将代码打一遍。而脚本可以将R代码保存为纯文本文件,编辑起来非常方便。点击Rstudio右上角的加号,选择R Script即可创建新的脚本。在菜单栏选择Tools-Golbal Options可以设置Rstudio的默认工作路径。点击Run可以运行光标所在行的代码,点击Source可以运行全部代码。

    利用Rstuidio来创建函数

    将想要转换为函数的代码选中,点击Code-extract function,按照提示键入名字即可,因为Rstudio提取函数的时候不会提示错误,所以函数创建好后,最后检验一遍。

    加载并使用R包

    安装R包:install.packages(“包名称”),如果同时安装多个包可以用连接函数c:install.packages(c(“包1”,“包2”,“包3”)).

    调用包:library(包名称)。这里要注意,安装时包名称要带双引号,而调用时用不用引号都可以。

    R包安装一次后,每次打开R都可以用,但每次都需要通过library重新加载。

    快速制图

    一、绘制散点图

    安装工具包:ggplot2

    可以通过命令安装,也可以在Rstudio上安装:右下方packages-install选择安装

    加载程序包

    可以通过命令行加载,也可以在Rstudio上点击加载:右下方packages选项栏,勾选ggplot2。绘图过程如图:

    二、绘制直方图

    将ggplot2参数稍作一下修改就可以绘制直方图,这里边用到了binwidth,我现在还没弄明白binwidth的用法。

    x3<-c(0,1,1,2,2,2,3,3,4)

    qplot(x=x3,binwidth=1)

    使用内置的帮助选项

    对一个函数无从下手怎么办?如何获得函数帮助信息

    键入  ?函数名,在Rstudio右下方的Help选项可以查看帮助

    函数帮助页面的组成部分:

    函数描述:函数功能介绍

    使用方法:如何键入函数和参数名

    参数(Arguments):参数的赋值类型及在函数中的作用

    相关细节(Details):工作原理和可能的注意事项

    返回值(Values):函数运行后的返回结果

    代码示例:实例演示,更容易理解

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