2023-04-21提取fasta文件中的LOC开头的id

作者: 麦冬花儿 | 来源:发表于2023-04-21 09:30 被阅读0次

生物信息中的grep sed awk 与正则表达式
「数据整理」处理fasta文件的简单命令
fasta文件根据ID提取序列
Linux根据基因ID提取fasta序列
利用python将gbk格式转换为fasta &&
根据id提取fasta序列
linux学习
awk: 从格式化的fasta中提取部分id的序列
awk处理FASTA格式文件
从fasta文件中批量提取特定序列

目的：提取fasta文件id中的‘LOC107408734’

NM_001323852.1 polyphenol oxidase, chloroplastic-like (LOC107408734), mRNA

grep ">" file.fa | sed 's/.*\((LOC.*\)/\1/g' | cut -d '(' -f2|cut -d ')' -f1 > locid.txt
#grep ">" file.fa 提取所有id
#sed 's/.*\((LOC.*\)/\1/g' 删除‘（LOC.....）’前的所有的字符
#cut -d '(' -f2|cut -d ')' -f1 保留‘（LOC.....）’中括号里的内容

生物信息中的grep sed awk 与正则表达式
想到哪就更新到哪 grep 提取fasta序列id。从fa文件里面搜索以>开头后面有至少一个字母的行如果没有+，只...
「数据整理」处理fasta文件的简单命令
1. 将fasta中的header name替换为对应的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一条序列信息 ...
fasta文件根据ID提取序列
把要提取的序列 ID 写入 id.txt ，一行一个ID 1.seqkit 2.seqtk
Linux根据基因ID提取fasta序列
提取出符合条件的20行序列grep -A20 + Gene ID + fasta
利用python将gbk格式转换为fasta &&
将gbk格式文件转换成fasta格式文件将多个fasta序列中提取含有'Homo sapiens'的序列请关注...
根据id提取fasta序列
def get_trans(intrans, outtrans): with open(intrans, "r"...
linux学习
批量复制和解压批量修改后缀名提取fastq中的fasta序列 diamond结果筛选和去冗余提取文件某行并统...
awk: 从格式化的fasta中提取部分id的序列
看两个fasta的格式，一个是单行的序列，一个是格式化后的序列题目：提取id1和id2的序列，并组成fasta格...
awk处理FASTA格式文件
从一个文件(input.fasta)提取第10至20个序列存到另一个文件(output.fasta) 将某一文件(...
从fasta文件中批量提取特定序列
如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种： perl脚本：CSDN博主「little^...