1. Western Blot原理Westernblot的原理是蛋白质在电力场的作用 下，由大到小的进行排列，利用电泳进行分离和富集。拥有抗原表位的蛋白质分子被抗体（一抗）特异性识别并与之结合。在此基础上，酶或荧光标记的二抗识别并结合一抗，通过与底物反应显色来观察目的蛋白。
Westernblot显色的方法主要有以下几种：（1）放射自显影（2）底物化学发光ECL（3）底物荧光ECF（4）底物DAB呈色。现常用的有底物化学发光ECL和底物DAB呈色。大部分Westernblot显色底物是化学发光底物，发表文章通常也是用底物化学发光ECL。
2. 目的蛋白信号弱或无
在
Westernblot发光检测中常见的问题之一就是目的蛋白信号弱或无。首先考虑是否转膜不充分/过转，如果是，则要优化转膜条件；其次，在转膜合适的前提下考虑是否抗体-抗原敏感性过低，也可能是底物HRP或底物活性降低，可以通过加大上样量/提高抗体浓度/使用敏感底物/延长压片时间解决。凝胶太厚，曝光时间短也会使蛋白信号降低，因此，要延长转膜时间和胶片的曝光时间。
3. 非特异性条带 非特异性条带与抗体交叉反应有关。单抗比多抗特异性好，纯度高，另外适当稀释一抗/二抗浓度，也是有必要的。如果样本在处理过程中发生降解，则样本处理时加入蛋白抑制剂在冰上操作。
4. 显影后膜上条带处变为黄色或白色可能是HRP过高导致的敏感性或背景太高，应降低抗体浓度。5. 条带内无显影的白点
一般是与转膜和显影的操作有关，转膜前尽量将膜平衡，并注意胶和膜之间避免气泡，显影时膜与X光片间也应避免气泡。
6.存在散在小圆斑
牛奶封闭液中的杂质颗粒导致，解决此类问题可提前配置好封闭液于4度保存，使用时勿混匀，仅用上层。
7. Western Blot化学发光(ECL)淬灭的原因？
Western Blot“淬灭”的原因主要在两方面：含HRP的抗体和发光试剂。由于长期应用某种发光试剂，人们多注意了抗体，不知道发光试剂其实也会对实验结果造成重大影响。对抗体方面来说，可以采用适当降低抗体的浓度，发光实验时快速操作来解决“淬灭”的问题；对发光试剂来说，可以选用发光稳定的发光试剂来解决“淬灭”的问题。
8. Western Blot背景太高
背景深是在Western blot发光检测中最常见的问题，造成背景深的原因很多。第一，封闭的问题，封闭条件一般为5%牛奶或BAS室温封闭2-4h，但最好4度过夜；实际上牛奶对于多数抗体来说效果不错，但二抗与牛奶可能有交叉反应，因此洗涤很重要。另外BSA蛋白单一，可降低因牛奶其他成分引起的背景。第二，TBST洗脱不彻底也会导致背景深，适当增加洗脱时间、次数、用量可以减轻背景颜色，有时候膜没有完全均匀的浸润也是原因之一。第三，条带背景深也与曝光时间有关，曝光时间超过半小时出现背景是很正常的，所以可以的话建议曝光1-10min。第四，抗体浓度太高也会导致背景高，建议实验前进行检测。
9. Western Blot中Tween-20的作用是什么？应该怎么用？
Tween-20是一种非离子型表面活性剂。用途为水包油乳化剂、可用作溶剂、扩散剂、稳定剂、润滑剂和抗静电剂等。气相色谱固定液(最高使用温度120℃)分离分析挥发油、脂肪酸酯、醇、酮和卤化物。
Westernblot的操作流程中大部分都用到TBST洗液，而且还是封闭，一抗二抗孵育这种比较关键的步骤。通常Tween-20作为一种非离子型表面活性剂，效果和SDS、BSA作用差不多。由于膜上结合的蛋白会因为一些去污剂而被代替，因此在封闭时可使用Tween20清除去污剂，而且浓度不要超过0.3%（0.05%效果最好），如果牛奶封闭效果不好可以提高吐温浓度。
在WB洗液里的吐温是和BSA一样，对抗原抗体蛋白提供保护作用，同时因为是表面活性剂（司盘加成亲水的环氧乙烷基团后的化合物），可以减少抗体对抗原的非特异性作用，用于洗脱未结合的抗体、减少非特异性结合。Tween-20是我们用TBST的时候Tween-20得用量是0.5ml/L，不加SDS。
10. 出现变形条带
凝胶存在气泡或是杂质、电流不稳定、凝胶冷切不均匀。制胶器具和电泳槽保持干净，换新的电解液，保证材料无污染，制胶过程中清除气泡。如电泳槽老化建议换新。尽量选择中间孔加入样品，避免两端上样。
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