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基于docker安装使用RGAugury鉴定抗性基因

基于docker安装使用RGAugury鉴定抗性基因

作者: pumpkinC | 来源:发表于2023-02-02 17:50 被阅读0次

第一步:安装

docker image pull yaanlpc/rgaugury:2.2

第二步:挂载目录并使用测试数据

docker run -it  --mount=type=bind,source=/40t_1/caix/software/database/pfam,target=/opt/pfam  --mount=type=bind,source=/40t_1/caix/software/database/interproscan-5.60-92.0,target=/opt/interproscan   --mount=type=bind,source=/40t_2/dockers/DataRGAugury,target=/root/input   yaanlpc/rgaugury:2.2 /bin/bash

注意:需要提前下载好interproscan和pfam数据库。需要预测抗性基因的蛋白文件存放到个人目录/40t_2/dockers/DataRGAugury,输出结果也在此目录。

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