介绍

Trim Galore是自动检测转录组数据adapter的质控软件。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。

安装

conda install trim-galore

使用

trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 \

            --paired $dir/cmp/01raw_data/$fq1 $dir/cmp/01raw_data/$fq2  \

            --gzip -o $input_data

参数说明：

--quality(-q)：设定Phred quality score阈值，默认为20。

--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。

--adapter：输入adapter序列。也可以不输入，Trim Galore!会自动寻找可能性最高的平台对应的adapter。自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。

--stringency：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，默认为1（非常苛刻）。可以适度放宽，因为后一个adapter几乎不可能被测序仪读到。

--length：设定输出reads长度阈值，小于设定值会被抛弃。

--paired：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。

--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。

--gzip和--dont_gzip：清洗后的数据zip打包或者不打包。

--output_dir (-o)：输入目录。需要提前建立目录，否则运行会报错。

-- trim-n : 移除read一端的reads

参考

https://www.jianshu.com/p/7a3de6b8e503