利用tbl_summary绘制整洁的基线表

官网教程地址
https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/tbl_summary.html

# install.packages("gtsummary")
library(gtsummary)

trial2 <- trial %>% select(trt, age, grade)#选择待分析变量
vis_dat(trial2)#查看数据分布

数据分布情况

trial2 %>% tbl_summary()#基础用法

基础用法图

trial2 %>% #待分析列表
  tbl_summary(by = trt) %>% #添加分组变量
  add_p() #增加整体P值

分组后表格

#定制表格格式
trial2 %>%
  tbl_summary(
    by = trt,
    statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",#确定连续变量格式
                     all_categorical() ~ "{n} / {N} ({p}%)"),#确定分类变量格式
    digits = all_continuous() ~ 2,#确定小数点数
    label = grade ~ "Tumor Grade",#确定变量显示名称
    missing_text = "(Missing)"#确定缺失值显示蚊子
  )

定制后结果

trial2 %>%
  tbl_summary(by = trt) %>% #分组变量
  add_p(pvalue_fun = ~style_pvalue(.x, digits = 2)) %>%# p值小数点2位数
  add_overall() %>%#增加总体情况分布情况
  add_n() %>%#增加样板列
  modify_header(label ~ "**Variable**") %>%#更改变量列名称
  #更改治疗组总体名称
  modify_spanning_header(c("stat_1", "stat_2") ~ "**Treatment Received**") %>%
  modify_footnote(
    all_stat_cols() ~ "Median (IQR) or Frequency (%)"#更改脚注
  ) %>%
  modify_caption("**Table 1. Patient Characteristics**") %>%#表格名称
  bold_labels()#标题加粗

包含总体的表格制定

#制作交叉表并进行卡方检验

trial %>%
  tbl_cross(
    row = stage,
    col = trt,
    percent = "cell"
  ) %>%
  add_p()

交叉表