1 是否需要去除 gaps 和终止密码子

KaKs Calculator 的操作文档写着会去除 gaps 和终止密码子：

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当然，强迫症的我还是用数据测试了一下，确认他们是否会自动去除 gaps 和终止密码子。

1.1 测试是否自动去除终止密码子

带有终止密码子(TAG)的文件test.fa:

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没有终止密码子(TAG)的文件testremoveTAG.fa:

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带有终止密码子(TAG)的文件test.fa得到的结果如下：

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没有终止密码子(TAG)的文件testremoveTAG.fa得到的结果如下：

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可见，不论去不去除终止密码子，得到的结果都是一样的，说明 KaKs Calculator 会自动去除终止密码子。

1.2 测试是否自动去除 gaps

带有 gaps 的文件testgap.axt:

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去除了 gaps 的文件testgapremove.axt:

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带有 gaps 的文件testgap.axt和去除了 gaps 的文件testgapremove.axt得到的结果分别如下所示：

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可见，不论去不去除 gaps ，得到的结果都是一样的，说明 KaKs Calculator 会自动去除 gaps 。

2 双序列比对、多序列比对

双序列比对后，进行的kaks计算，结果如下：

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多序列比对后，进行的kaks计算，结果如下：

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可见，双序列比对和多序列比对，得到的结果基本一致，说明先进行多序列比对后进行 KaKs 值计算，或双序列比对后再计算 KaKs，对结果影响不大。

3 不同方法结果差异

KaKs Calculator 提供了几种不同方法的计算，如下所示：

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不同方法得到的结果如下所示：

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从图上可以看出，不同方法的 KaKs 值在0.069-0.110之间，差别不是很大，因此，采用哪种方法对 KaKs 值的影响不是很大。

4 cds 序列和 cds + pep 序列

只采用 cds 序列进行比对后得到的 KaKs 值：

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采用 cds + pep 序列进行比对后得到的 KaKs 值：

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从图上可以看出，只采用 cds 序列和采用 cds + pep 序列进行比对后得到的 KaKs 值差别不是很大。需要注意的是，只采用 cds 序列进行 KaKs 值会得到更多的正向选择结果。博主统计了25152对序列，发现采用 cds 序列计算 KaKs 值的话，有78对序列显示受到正向选择（KaKs>1），当采用 cds + pep 序列计算时，则显示39对序列受到正向选择。

目前关于 KaKs 值的探讨就到这，有更多好的建议，欢迎随时找我聊。