基因在肿瘤与正常组织中的表达（TCGA）

今天给大家介绍一款R包：TCGAExpression, 可以检索基因在33种肿瘤组织 vs 正常组织中表达。顾名思义，这个包功能实现是基于TCGA数据库。

包的安装与加载

通过devtools 安装该包

devtools::install_github("dming1024/TCGAExpression")

输入Token

这里给出一个免费Token，有效期一天

inputToken("eyJ0eXAiOiJKV1QiLCJhbGciOiJIUzI1NiJ9.eyJleHAiOjE2NTM5ODYxNjIuMTY2NjEzMywiaWF0IjoxNjUzODk5NzYyLjE2NjYxMzMsImlzcyI6Inl4dGp5IiwiZGF0YSI6eyJ1c2VybmFtZSI6Inl4dGp5MDEiLCJ0aW1lc3RhbXAiOjE2NTM4OTk3NjIuMTY2NjEzM319.AH7D61Ximf6P0FAx4dshWtrOg1USfcWldMMD4Svntrk")

没有正确的token，以下均不能使用

检索基因表达

输入基因名称和TCGA肿瘤项目名称，即可检索基因在该肿瘤组织 vs 正常组织中的表达数据。TCGA数据库目前涉及有33种肿瘤，这里以检索TCGA-LUAD项目中，TP53基因表达为例，进行讲解：

m1=getExpression("TP53","TCGA-LUAD")

结果可视化

基于以上结果，可视化该项目：肺腺癌中TP53基因表达。TCGA-LUAD项目一共有598个files，其中2个为Recurrent Tumor，537个为 Primary Tumor，59个为Solid Tissue Normal：

getBoxplot(m1)

差异比较分析

对各组数据采用非参数检验，比较 Tumor vs Normal 组织中，发现TP53表达在两组中是有显著性差异，tumor组织中的表达显著高于normal组(p<0.05)。

wilcox.test(as.numeric(gene)~Group,data=m1 %>% filter(Group!="Recurrent Tumor"))

TCGA Project 清单

如果不记得癌种属于TCGA哪个项目，怎么办呢？这个包依然可以解决！

getProjects()

以上就是该包的使用过程，非常简单实用，推荐有需要的小伙伴可以尝试。