TCGA数据分析（1）

对TCGA数据分析之前已经介绍过一次，这里把之前的内容整理下。TCGA分析大致可分为以下：
1.数据检索与下载
2.metadata.json文件解读
3.对数据进行分组
4. R语言差异表达分析
5. 可视化分析

windows平台TCGA数据的下载

在windows下进行TCGA数据下载，需要使用官方的一个程序：gdc-client.exe，以及manifest.txt文件，文末会提供下载链接，利用windows shell进行下载。比如当前目录下有gdc-client.ext，以及manifest.txt文件，那么就可以这样下载数据

当前目录下的文件

C:\Users\dongl\Desktop\various\gdc_tools> dir
 驱动器 C 中的卷是 Windows
 卷的序列号是 30C8-61C9
 C:\Users\dongl\Desktop\various\gdc_tools 的目录
2019/04/21  18:08    <DIR>          .
2017/08/14  11:04        16,576,583 gdc-client.exe
2018/10/09  11:24           818,112 metadata.json

在当前目录下输入：gdc-client.exe download -m gdc_manifest.txt，自动下载数据默认至当前文件夹下，每个样本的数据都是独立的文件夹

C:\Users\dongl\Desktop\various\gdc_tools> gdc-client.exe download -m gdc_manifest.txt