在不同的情形中，“穿透核查”存在不同的“穿透”方式和“核查”要求。
（一）穿透核查的原因
1、对发行主体实际控制人的认定；
2、发行主体股东/发行对象是否超过200人的判断；
3、金融产品投资者的合格投资人情况的界定
（二）200人的问题
需要计算：
1、存在通过单纯以持股为目的的合伙企业、公司等持股主体的“持股平台”间接持股的安排以致实际股东超过200人的，在依据《非上市公众公司监管指引第4号》申请行政许可时，应当已经将代持股份还原至实际股东、将间接持股转为直接持股，并依法履行了相应的法律程序。
不需计算：
2、以私募股权基金、资产管理计划以及其他金融计划进行持股的，如果该金融计划是依据相关法律法规设立并规范运作，且已经接受证券监督管理机构监管的，可不进行股份还原或转为直接持股。
因此，以下二种情况的以私募股权基金、资产管理计划以及其他金融计划进行持股的合伙企业或者公司不用进行穿透计算：
①不存在以持股为目的的合伙企业、公司等持股主体的“持股平台”；
②是依据相关法律法规设立并规范运作，且已经接受证券监督管理机构监管的合伙企业或者公司。
三类股东：“三类股东”指的是资管计划、契约型基金或信托产品。
按照新《基金法》的划定，契约型私募基金是私募基金三种形态中的一类，另外两类则是公司型私募和合伙型私募；而同样需要清理的信托计划和资管计划依托合同设立，不属工商实体，也具有契约型私募性质。
不需计算：
3、新三板挂牌公司都是按照“非公指引4号”和《非上市公众公司监督管理办法》经过了证监会的行政核准，股东人数可以超过200人，自然在申请IPO时就不会出现违反《首次公开发行股票并上市管理办法》十八条法人情形，即：发行人不得有下列情形：最近36个月内未经法定机关核准，擅自公开或者变相公开发行过证券；或者有关违法行为虽然发生在36个月前，但目前仍处于持续状态。
新三板股东数超200人不是IPO的障碍，但股东人数超过200人最大的问题是核查难度较大，根据“非公指引4号”里规定：申请行政许可的200人公司应当对股份进行确权，通过公证、律师见证等方式明确股份的权属。申请公开发行并在证券交易所上市的，经过确权的股份数量应当达到股份总数的90%以上（含90%）；申请在全国股份转让系统挂牌公开转让的，经过确权的股份数量应当达到股份总数的80%以上（含80%）。未确权的部分应当设立股份托管账户，专户管理，并明确披露有关责任的承担主体。
不需计算：
《私募投资基金监督管理暂行办法》（证监会令[105]号），对合格投资者有如下规定：
①社会保障基金、企业年金等养老基金，慈善基金等社会公益基金；
②依法设立并在基金业协会备案的投资计划；
③投资于所管理私募基金的私募基金管理人及其从业人员；
④中国证监会规定的其他投资者。
总结：
①只对依据法律规定登记为非法人形式的单位投资者穿透核查最终投资人是否为合格投资者，此类情形不包括公司以及其他登记证明显示为独立法人的单位；
②穿透核查是指全面考察直接投资人的最终出资人，一直穷尽到最终出资人为自然人、公司等法人或前述第1、2、4类特殊合格投资者时为止。
③已备案的合伙型和契约型基金是否还需要穿透和合并计算：该问题实际上可以再解读为已备案的合伙型和契约型基金是否属于前述第2类特殊合格投资者。穿透核查规则目的在于防止管理人通过设置多层结构规避合格投资者限制，而经备案的基金之合格投资者已符合合格投资者规定，不存在规避的情形，因此，经备案的合伙型和契约型基金不再穿透核查和合并计算。
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