论文
Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregation
https://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10
作图数据都有，论文中的图也很好看，抽时间复现
今天的推文复现一下论文中的Figure 1e 三角热图
ggplot2能够做这种三角热图，但是怎么让热图的尖朝上，之前还没有尝试过，基本思路就是可以让整个图进行旋转，查了一下怎么让ggplot2整体旋转，很多都是借助grid包的语法来实现，但是grid的作图我还不是很理解，找了好长时间看有没有ggplot2的扩展包可以做，找到了一个参考链接
https://www.jianshu.com/p/802bdefa8feb
这里借助cowplot和ggplotify两个R包
一个简单的小例子
library(ggplot2)
pp<-ggplot()+
geom_point(aes(x=1,y=1))+
coord_cartesian(clip = "off")
pp
cowplot::ggdraw()+
cowplot::draw_plot(ggplotify::as.ggplot(pp,angle = -45),
width = 0.5,height = 0.5,
hjust = -0.2,
vjust = -0.5)
image.png
然后用推文中的示例数据
image.png
其中一个小图的部分示例数据
读取数据
library(readxl)
#install.packages("rlang")
dat<-read_excel("data/20230327/Figure1d.xlsx")
dat
普通三角热图
library(ggplot2)
ggplot(data=dat,aes(x=x,y=y))+
geom_tile(aes(fill=log2(value)))+
coord_equal(clip = "off") -> p
p
image.png
添加文本标签
library(tidyverse)
dat %>% pull(x) %>% unique()
p+
geom_text(data=data.frame(x=1:8,y=0:7,label=dat %>% pull(x) %>% unique()),
aes(x=x,y=y,label=label),angle=90)+
theme_void() -> p1
p1
image.png
在指定的地方添加线段
p1+
geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5),
y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)),
aes(x=x,y=y),
color="black",size=1)+
geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5)+4,
y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)+4),
aes(x=x,y=y),
color="black",size=1) -> p2
p2
image.png
更改配色
p2+
scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"),
mid = "white",
high = scales::muted("blue"),
midpoint = 0)+
theme(legend.position = "none") -> p3
p3
image.png
添加一些额外的注释
p3+
annotate(geom = "segment",x=0.4,xend=0.4,y=0.5,yend=4.5,
size=2,color="red")+
annotate(geom = "text",x=0.2,y=2.5,label="A",angle=45,size=5)+
annotate(geom = "segment",x=4.5,xend=8.5,y=8.6,yend=8.6,
size=2,color="blue")+
annotate(geom = "text",x=6.5,y=8.8,label="B",angle=45,size=5) -> p4
p4
image.png
最后顺时针旋转45度
library(cowplot)
ggdraw()+
draw_plot(ggplotify::as.ggplot(p4,angle = -45),
width = 0.7,height = 0.7,
hjust = -0.2,
vjust = -0.1)+
annotate(geom = "text",x=0.5,y=0.2,label="Chromatin subcompartments") -> p5
p5
image.png
最后再给添加一个图例
p2+
scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"),
mid = "white",
high = scales::muted("blue"),
midpoint = 0)+
theme(legend.position = "bottom")+
guides(fill=guide_colorbar(title.position = "top",
title.hjust = 0.5,barwidth = 20)) -> p3.1
p5+
annotation_custom(grob = ggpubr::get_legend(p3.1),
xmin = 0.1,xmax=0.9,
ymin=0.1,ymax=0.2)
image.png
一直会有提示信息
image.png
还可以拼图
library(patchwork)
p6+p6
image.png
示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取
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