3月想跳槽没啥合适的公司，确实我这工作时间算实习才凑够两年，经验不算丰富，学校嘛也就垃圾一本。微生物和WES/panel都只是略懂。倒是也有检验所在做这个，但是和我们公司算竞争对手关系，确实又不太想去。只能先摆烂着。
说是摆烂，其实我真是尽力在学了。只是做肿瘤用药最最关键的知识库这东西，真不是一个人能整出来的，唉，只能尽力将目前的生信流程优化再优化了。
之前有用cnvkit凑室间质评的结果，发现还是和标准答案很不接近。故测试了几个其它和CNV相关的软件。以及对这些软件的安装感受。
DECoN
安装体验 ★★✰✰✰
github地址：https://github.com/RahmanTeam/DECoN
安装问题概述：
此软件是基于exomedepth的改进版，gitHub管理员极其不活跃，虽然10个月前更新了基于R4.2和使用renv管理依赖，但是目前安装起来依旧困重重。主要是由于renv固定了使用exomedepth的1.1.15版本。但是crna上已经没法下载这版本了，因为exomedepth的作者他嫌弃自己的依赖太臃肿，所以把别人的开源代码粘贴了过来，结果CRNA觉得不行。1.1.16版已经上传，但是1.1.15版反正CRNA是没有（conda可能会有），但是DECoN教程里的安装方式偏偏就是走CRNA装1.1.15。好在，目前有老哥不辞辛苦，熟练使用renv，提了一个pull修复，我测试过，使用git拉取这个老哥的仓库后，可以成功安装，但是似乎不能切换目录，看这个老哥回不回我，应该有办法解决，或者自己仔细学习下renv。
安装方法
git clone https://github.com/bpow/DECoN.git -b exomedepth-1.1.16
cd DECoN/Linux/
sh setup.sh
使用提醒
1.需要有三个及以上bam，换言之，不能用于case-control的肿瘤cnv检测（所以我也懒得折腾后续了）
2.官方教程文件，RData写成了Rdata。
3.Rscript ReadInBams.R这步的时候，注意bed与bam，使用的是相同的染色体表示方式，不然无法计数。
exomedepth
安装体验 ★★★★✰
github地址：https://github.com/vplagnol/ExomeDepth
安装问题概述：
由于此软件在bioconda收录，只需要简单的conda install -c bioconda r-exomedepth即可。
由于此软件没有做到完全的即插即用，还是需要一些DIY。当然实际此项目自带一些测试脚本，整合起来就行。只是在case-control的肿瘤cnv检测上性能未经测试，我是不敢放心大胆用。
使用提醒
建议参考
https://cran.r-project.org/web/packages/ExomeDepth/vignettes/ExomeDepth-vignette.pdf
读完此pdf，你也可以上手修改DECoN,一举两得了
PureCN
这个软件件似乎在国内很少提及，实际发现使用cnvkit在做肿瘤cnv检测时，肿瘤纯度参数对CNV的拷贝数结果的矫正影响很大。
安装体验 ★★★★✰
github地址：https://github.com/lima1/PureCN
安装问题概述：
这个软件安装成功后，需要启动R，去里面找脚本所在目录，不知道是我少见多怪还是R的常规操作（原谅我被conda惯的），总之是环境和脚本杂在一起，让我感觉很不舒服。
并且根据readme使用conda安装后conda install -c bioconda bioconductor-purecn=2.0.2，会提示无R.utils包，需要配置一下，总之我是没试成功，索性用apptainer了
使用提醒：
自己还没完全学透
网友评论