TCGA生存分析

作者: 数据控的迷妹 | 来源:发表于2020-08-05 17:40 被阅读0次

！！！每次跑完记得保存数据，昨天做完后就只是记录流程，结果数据没保存，幸好数据不是很大。。。。

if(!require(survival))install.packages("survival")
if(!require(survminer))install.packages("survminer")
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
#载入数据
rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)
# 加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样本临床信息。
load( file = 'expr.Rda')
load (file='clinical.Rda')
dim(expr)
#> [1] 552 593
dim(clinical)
#> [1] 537   7(为什么小洁的是8？）
group_list=ifelse(as.numeric(substr(colnames(expr),14,15)) < 10,'tumor','normal')
table(group_list)

俺卡住了，因为小洁老师用的meta文件和使用R包得出的clinical文件不太一样，等我学习一下R的基础再来。哎，打好基础很重要啊！