课前准备----细胞邻域特征评分

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2024-08-09 19:27 被阅读0次

基于T细胞浸润特点的免疫学肿瘤分类
工作思考：纹理特征是否在阴影识别中能够有用？
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作者，Evil Genius

今天我们需要实现下面的目标

内容很简单，通过细胞类型邻域来表征ST spot。灰色spot表示感兴趣的细胞类型，橙色表示“恶性”spot，虚线表示其周围的spot。spot通过邻域巨噬细胞（不同的细胞类型）评分进行表征。

其中，为了表征每个“恶性”spot周围的细胞类型组成，计算了每个细胞类型的两个分数指数，以捕捉它们的微环境。将“邻居分数”定义为包含该细胞类型的周围spot的分数。因此，该分数直接测量了相邻spot中的细胞类型组成。邻近性分数测量感兴趣的spot与每个细胞类型之间的接近程度，并计算为最短距离的倒数，最短距离为该类型的细胞。

完整代码如下：

基于T细胞浸润特点的免疫学肿瘤分类
（一）热性免疫肿瘤的特征 •肿瘤组织中有高密度T细胞和细胞毒性T细胞浸润;（高免疫评分） •检查点分子激活（Ch...
工作思考：纹理特征是否在阴影识别中能够有用？
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课程即将开始....我们在作课前准备...今天实在很困，也很累！一切表达，请看图说话....晚安课前准备
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