囚徒困境，可以用来解释包括合作在内的社交行为。在进化的过程中，自私并不会每次都胜过合作。倘若动物间相识已久，相比为自己争权谋利，合作能带来更多好处。
囚徒困境：两个嫌疑犯被同时指控犯了罪，被关进两个牢房，分开审问。他们得到的承诺是：“如果你能证明另一个人的罪行，那你就会获得自由，而他要负全部责任，被判重刑，蹲监狱五年；如果两个人都不认罪，就各自被判两年；如果互相指认——请注意这是事件的核心——就会同时被判三年。这就是囚徒困境。”“罪犯”不难解释，两人最终都会被关进牢房，还会被恐吓要关很久。对于“困境”这个概念，如果我们理解了以下事实，也就很快清楚了。一方面，嫌疑犯们可以将刑期控制在最短时间内，也就是两年，前提是互相合作，什么都不承认，谁也不出卖对方。而另一方面，他们每人都想通过出卖对方，即自私行事，来使自己获得最好的结果。最终，自己不用受罚、让另一个人承受重罚，总比各自蹲三年大牢要好多了。
现在问题来了。两位当事人都自作聪明地算着小账，结果互相指责，同时被判三年！不管这听起来多蠢，通常我们就是这样行事的。这种模式可以借助电脑作为游戏来玩。具体的技术细节我就不多说了，我们只要了解，从电脑模拟中表现出的是，如果游戏只进行一次，自私就总会战胜合作。如果连着多玩几次，这其间的每一次，每个嫌疑犯都要做出自私或是合作的选择，画面便大大不同了：合作是有益的！放弃自私，选择合作，长期而言会带来很多好处，在这里则是减少刑罚时间。
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