目前，最新版本的jira已经是6.3.9了，我自己搭建的时候下了一个6.3.8 版的linux版本，网上的补丁很给力，我也有上传到我的资源，详细步骤如下。
http://download.csdn.net/detail/w657395940/8104123
环境：linux
版本：JIRA6.3.8（下载的是JIRA二进制文件linux安装版）
步骤一、查看是否安装java
#java -version
java version "1.8.0_25"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_25-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.25-b02, mixed mode)
如果没有，请自行网上查找安装
步骤二、下载JIRA6.3.8
JIRA6.3.8下载地址（带Agile插件的）：
https://www.atlassian.com/wac/software/jira/post-download?file=http://www.atlassian.com/software/jira/downloads/binary/atlassian-jira-6.3.8-x64.bin
下载下来的文件为：atlassian-jira-6.3.8-x64.bin
在atlassian-jira-6.3.8-x64.bin所在的目录下改变其权限，使其变为可执行文件。
#chmod a+x atlassian-jira-6.3.8-x64.bin
使用root权限执行该文件
#sudo ./atlassian-jira-6.3.8-x64.bin
根据提示选择安装。
安装 后会提醒目录：/opt/atlassian/jira/
工作（数据）目录：/var/atlassian/application-data/jira/
完成后，可以通过
#sudo /etc/init.d/jira start
#sudo /etc/init.d/jira stop
来开启、关闭jira
当在浏览中访问localhost：8080成功时，先不要在页面上配置。
步骤三、破解、汉化
首先暂停jira
#sudo /etc/init.d/jira stop
在我的资源中下载补丁包，按照里面的说明把相关的包替换掉
http://download.csdn.net/detail/w657395940/8104123
说明：
第二个包 atlassian-universal-plugin-manager-plugin-2.x.jar不是在之前的ZIP包里替换了，而是更为直接的插件管理目录里
/opt/atlassian/jira/atlassian-jira/WEB-INF/atlassian-bundled-plugins/ 替换掉相应的包。
然后重启，进入JIRA页面后，管理license，按照给定的格式提交ok。
在插件管理里，Agile激活方式同jira。
步驟四、修改默認端口爲80
１、修改端口步骤
vi /opt/atlassian/jira/bin/user.sh
JIRA_USER=”root”
vi /opt/atlassian/jira/conf/server.xml
２、启动
service jira start
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