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单细胞测序上游1-数据下载

单细胞测序上游1-数据下载

作者: 科研小徐 | 来源:发表于2021-12-31 15:10 被阅读0次

    既往主要下载方法3种,wget、ascp,sra-tools(prefetch).
    ascp:速度快
    wget:不稳定
    sra-tools(prefetch):官方工具,但速度慢
    但在使用过程中发现ascp对于某些数据无法下载。

    推荐EBI官网的另一下载工具ena-file-downloader

    下载地址https://github.com/enasequence/ena-ftp-downloader
    软件依赖ascp,java环境详见git官网说明自行安装
    在github的releases页面中可下载软件

    ena-file-downloader Github Releases页面
    推荐下载带运行库的版本。基本运行环境安装后直接在Ubuntu中双击即可运行GUI版本的下载工具。

    打开软件

    选择Aspera下载模式

    下载模式选择

    对ascp环境进行配置,分别为ascp绝对路径地址,以及密钥文件位置
    填好后save会对填入路径进行校验。

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