生信星球学习第三天

学习内容

下载使用方便的软件管理器——miniconda

1. 转到biosoft之后，(wget 下载链接) ps:是.sh 而不是.exe结尾的
2. 安装 miniconda (bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh) ps: 按照指示按enter，和输入yes,跳过之后补输入yes,没用
3. 激活miniconda (source ~/.bashrc)
4. 添加清华镜像（conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
   conda config --set show_channel_urls yes）
5. 可以正式使用miniconda
6. 一些常用的miniconda的命令
   6.1 查看所有软件列表 （conda list） ps: 将所有的软件都列放在这里
   6.2 搜索想要的软件 （conda search 软件名） ps: 将显示各种版本的该软件
   6.3 安装想要的软件 （conda install 软件名 -y）ps: -y表示为自动安装
   6.4 卸载不要的软件 （conda remove 软件名 -y）
   6.5 查看conda的环境 （conda info --envs）表示为默认的环境
   6.6 新建conda的环境 （conda create -n rna-seq python=3）ps: 创建名为rna-seq的环境，指定python=3*
   6.7 激活新建的环境 （conda activate rna-seq）
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