写在前面
早上收到一个消息,Emmm...多少不是很开心。中午帮朋友看了下数据。大体发现有一个工作,我常常会做,却每次都手动,突然觉得很烦。既然如此,那就写一个。
场景是这样的,我们关注的是某个物种某个通路的基因表达模式变化,
- 首先我们确定下来,该物种的具体通路基因 ID 的具体基因名字,比如 Banana00001 其实就是 ANS,Banana00002 其实就是 CHS,Banana00003 其实就是 DFR 云云
- 转录组数据分析完事了,我们有某个通路的一堆基因 ID 列表对应着他们的表达量,ID 模式大概是 Banana00001,Banana00002,....
如何我们很可能得到一张热图是这样的
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/205eaefc8e5f9e5d.png)
问题来了,我们有希望做个热图,但是又不想用 Banana0000X 作为标签,这个很不直观,直接无法跟通路上的基因对应起来,于是,我们想用ANS CHS DFR 云云,那么这个时候咋办?
于是就涉及到文本替换....我们完全可以在外面先做文本替换,调整好的矩阵再做热图就完事了。
Table Append
往往我们鉴定了的家族基因 ID 映射列表和具体的 ID 列表顺序很可能是不对应的。可以直接使用最新版本 TBtools。大体如下
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/47810b6fc2fbc6d5.png)
点击开始,于是可以得到
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/9a5c6e50341f1673.png)
于是,我们可以重新使用 TBtools 作图
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/0678377b2c6af5d7.png)
Emmm... 这下看起来就容易看很多。至于为什么出现"###1"之类。那么是 ID 文本有重复。TBtools会自动识别这些重复,并做标记。或许我们还可以再增加一个参数。当然,这是后面的事情。
写在后面
Emmm,文稿是昨天写的。不过没有发出去。
想想....有些事情可能冥冥中注定,生活只有现实,没有惊喜。
我们几乎所有的收获都是应得的,没有是多拿的。
没有发现自己是幸运的,那么也可以让自己更为清醒的面对接下来的人与事。
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