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小更新 | 替换?映射?ID列表

小更新 | 替换?映射?ID列表

作者: 生信石头 | 来源:发表于2020-12-24 13:31 被阅读0次

写在前面

早上收到一个消息,Emmm...多少不是很开心。中午帮朋友看了下数据。大体发现有一个工作,我常常会做,却每次都手动,突然觉得很烦。既然如此,那就写一个。
场景是这样的,我们关注的是某个物种某个通路的基因表达模式变化,

  1. 首先我们确定下来,该物种的具体通路基因 ID 的具体基因名字,比如 Banana00001 其实就是 ANS,Banana00002 其实就是 CHS,Banana00003 其实就是 DFR 云云
  2. 转录组数据分析完事了,我们有某个通路的一堆基因 ID 列表对应着他们的表达量,ID 模式大概是 Banana00001,Banana00002,....

如何我们很可能得到一张热图是这样的


问题来了,我们有希望做个热图,但是又不想用 Banana0000X 作为标签,这个很不直观,直接无法跟通路上的基因对应起来,于是,我们想用ANS CHS DFR 云云,那么这个时候咋办?
于是就涉及到文本替换....我们完全可以在外面先做文本替换,调整好的矩阵再做热图就完事了。

Table Append

往往我们鉴定了的家族基因 ID 映射列表和具体的 ID 列表顺序很可能是不对应的。可以直接使用最新版本 TBtools。大体如下



点击开始,于是可以得到



于是,我们可以重新使用 TBtools 作图

Emmm... 这下看起来就容易看很多。至于为什么出现"###1"之类。那么是 ID 文本有重复。TBtools会自动识别这些重复,并做标记。或许我们还可以再增加一个参数。当然,这是后面的事情。

写在后面

Emmm,文稿是昨天写的。不过没有发出去。
想想....有些事情可能冥冥中注定,生活只有现实,没有惊喜。
我们几乎所有的收获都是应得的,没有是多拿的。
没有发现自己是幸运的,那么也可以让自己更为清醒的面对接下来的人与事。

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