导读

基因岛（Genomics Islands，GIs）是一些细菌、噬菌体或质粒中通过基因水平转移整合到微生物基因组中的一个基因组区段。一个基因岛能与病原机理、生物体的适应性等多种生物功能相关。通过比较基因组分析手段可研究具有特殊功能的微生物功能的特异性和功能来源。基于序列组成，采用IslandPath-DIOMB软件预测基因岛，其通过检测序列中二核苷酸偏向性（phylogentically bias）和移动性基因（mobility genes，如转座酶或整合酶）以判定基因岛以及潜在的水平基因转移。

github：https://github.com/brinkmanlab/islandpath

一、安装依赖

1. HMMER

hmmer: http://hmmer.org/
"hmmscan" must be within your executable path.

which hmmscan

/home/cheng/softwares/miniconda2/bin/hmmscan
OK

2. perl >= 5.18

perl：http://www.cpan.org

perl --version

This is perl 5, version 22
OK

二、perl模块

• 需要的模块
  Data::Dumper
  Log::Log4perl
  Config::Simple
  Moose
  MooseX::Singleton
  Bio::Perl

安装perl module
how-to-install-perl-modules-on-linux

• 查看模块

perl -e 'use Data::Dumper'  # 不报错说明模块已经存在
perldoc -l Data::Dumper  # 查看某一个模块的安装路径
perldoc perllocal | grep 'Module' 
# 查看已有模块，不全
# /home/cheng/perl5/lib/perl5
instmodsh 
# 查看已有模块，全
# 在模块文件夹中查看最全
perl -V  # 查看每个conda中perl @INC等环境配置
cpan install module  # 安装
cpanm module  # 安装
perl -MCPAN -e 'install module'  # 安装
perl -MCPAN -e shell
install module  # 安装 
sudo instmodsh  # sudo查看，最全
sudo find -name 'module.pl'  # 查找需要的module.pm文件位置，export lib的路径
# sudo全部已经安装
# 因为这些模块在不同的路径中，添加所有需要的路径到@INC
# export PERL5LIB="path1:path2:path3"  # 添加路径搭配perl @INC数组
export PERL5LIB="/home/cheng/miniconda2/envs/metawrap-env/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi:/home/cheng/miniconda2/envs/metawrap-env/lib/site_perl/5.26.2:/home/cheng/miniconda2/envs/metawrap-env/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi:/home/cheng/miniconda2/envs/metawrap-env/lib/5.26.2:/home/cheng/perl5/lib/perl5/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi:/home/cheng/perl5/lib/perl5/5.26.2:/home/cheng/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi:/home/cheng/perl5/lib/perl5:/home/cheng/perl5lib:/home/cheng/.cpan/build/MooseX-Singleton-0.30-1/blib/lib:/home/cheng/.cpan/build/MooseX-Singleton-0.30-1/lib:/home/cheng/.cpan/build/MooseX-Singleton-0.30-0/blib/lib:/home/cheng/.cpan/build/MooseX-Singleton-0.30-0/lib:/home/cheng/.cpan/build/MooseX-Singleton-0.30-MwBCHm/blib/lib:/home/cheng/.cpan/build/MooseX-Singleton-0.30-MwBCHm/lib"
# 把所有需要的模块的路径添加到perl @INC数组

• 检查模块

perl -e 'use Data::Dumper'
perl -e 'use Log::Log4perl' 
perl -e 'use Config::Simple'  
perl -e 'use Moose'
perl -e 'use MooseX::Singleton'
perl -e 'use Bio::Perl'

三、安装IslandPath-DIOMB

• 下载

git clone https://github.com/brinkmanlab/islandpath

• 帮助

perl /home/cheng/huty/softwares/islandpath/Dimob.pl -h

四、使用DIOMB预测基因岛

perl /home/cheng/huty/softwares/islandpath/Dimob.pl example/NC_003210.gbk NC_003210_GIs.txt