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SYMBOL 与 ENTREZID转换

SYMBOL 与 ENTREZID转换

作者: Silver_42ac | 来源:发表于2021-02-18 12:46 被阅读0次

    访问NCBI ftp 下载数据
    https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/
    https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/

    gene2ensembl,gene2accession, gene2pubmed,gene2go以及
    gene_info信息文件,它们的核心连接是gene的entrez ID号

    人类的:
    https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Mammalia/Homo_sapiens.gene_info.gz

    最主要的前几列

    #tax_id     #物种编号9606 是人类
    #GeneID  基因ID 最新的;所以用旧的ID 无法转换,可以尝试参考中方法或者爬虫
    #Symbol   基因名
    #LocusTag   别名
    
    #tax_id GeneID  Symbol  LocusTag
    9606    1       A1BG    -       A1B|ABG|GAB|HYST2477
    

    参考:
    NCBI的基因entrez ID相关文件介绍
    基因 ID 和 Symbol 转换

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