基因组注释

基因组注释包括下面内容：

1. 重复序列注释
2. 编码基因预测
3. 非编码RNA预测
4. 假基因预测
5. 基因功能注释
   重复序列鉴定：https://www.jianshu.com/p/f7c0115e1d89?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=seo_notes&utm_source=recommendation
   基因组重复序列注释：https://www.jianshu.com/p/76dbf3e0a5fb?utm_campaign=shakespeare
   LTR_retriever:鉴定LTR-RTs,同时可以计算LAI值。 https://www.jianshu.com/p/f962d5c40fdf
   文献：植物基因组分析套路https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a
   使用DupGen_finder github识别重复的基因：WGD，TD，PD，TRD和DSD
   WGD：全基因组复制
   TD：串联重复（相邻的两个重复基因）tandem duplication
   PD：近端重复（相隔10个以内基因的重复基因）proximal duplication
   TRD：转置重复（祖先和新基因座组成的重复基因）transposed duplication
   DSD：分散重复（不相邻也不共线性的重复基因）dispersed duplication
   SL：单拷贝
   DupGen_finder 使用教程 https://www.jianshu.com/p/a3a39b2f341b
   LTR_retriever:鉴定LTR-RTs,同时可以计算LAI值 使用教程

重复序列的分类：分别是串联重复序列（Tandem repeat）与散置重复序列（Interspersed repeat）