对peak进行功能注释的GREAT

GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下

http://great.stanford.edu/public/html/index.php

目前该在线工具只支持以下几个物种

1. Human
2. Mouse
3. Zebrafish

在使用时，还需要注意对应的基因组版本。用法比较简单，选择对应的基因组版本，然后上传对应的BED格式的peak文件即可，示意如下

上传界面

结果展示如下，给出了peak关联基因的个数和TSS距离的频数分布柱状图

peak关联基因情况

除此之外，还给出以下多种基因的功能分析

1. GO Molecular Function （GO的分子功能）
2. GO Biological Process （GO的生化过程）
3. GO Cellular Component （GO的细胞组成）
4. Mouse Phenotype （小鼠表型）
5. Human Phenotype （人类表型）
6. Disease Ontology （疾病本体）
7. MsigDB Cancer neighborhood （MsigDB癌症相关）
8. Placenta Disorders （胎盘障碍）
9. PANTHER Pathway （PANTHER通路）
10. BioCyc Pathway （BioCyc通路）
11. MsigDB Pathway （MsigDB通路）
12. MGI Expression （MGI表达）
13. MgisDB Perturbation （MsigDB扰动）

不同于传统的费舍尔精确检验，功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的，计算过程如下所示

以GO中BP这一类别的功能注释结果，示意如下：

BP rich

以GO中CC这一类别的功能注释结果，示意如下：

CC rich

以GO中MF这一类别的功能注释结果，示意如下：

MF rich

通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。

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参考链接：https://cloud.tencent.com/developer/article/1556618