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只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper

只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper

作者: 医科研 | 来源:发表于2019-01-14 10:41 被阅读70次

    在KEGG富集分析后,找到某些感兴趣的基因和通路后,常常需要表示下,于是有些小伙伴的图是这样的:

    image.png
    或者这样的
    image.png
    果然,你的文章可能就是因为这样lowbee的图悲剧的。然鹅,白介素2同学的图却可以是
    这样的:
    image.png
    或者这样的,
    image.png
    看到这,你可能会想,这么高级的图必然又要整什么高大上的R语言,商业软件了吧???
    还真不是,下面白介素2同学手把手演示如何通过点点点的方式来追上那些女神般的Pathway。
    首先准备肯定你要有感兴趣的通路和基因,第一列基因(各种Id,symbol都可),后面几列相对表达值)准备成如下格式:
    image.png
    接下来,上传,然后submit一下
    image.png
    贴心的提供了进度条:
    image.png
    然后就可以收兵啦,检阅下胜利的果实。
    image.png
    上面展示的是这几条,也可自行设置自己感兴趣的通路查看。咱就随便欣赏几个吧
    image.png
    有没有被美哭(hhh):
    image.png
    当我们还在用那些lowbee的图片时,其实早已经有小伙伴们一直在努力,开发出友好的可视化工具,方便大家使用,只是我们早已被知识蒙蔽了双眼(小伙伴们的双眼被知识蒙蔽了,上帝说那就让白介素2同学去吧[图片上传失败...(image-fd487a-1547433671013)] )。附上神器界面:
    image.png
    其实这本身是2013年作者开发的一个R包Pathview,在2017年又开发出友好的在线工具界面,文章内容发表在Nucleic Acids Res上。
    其实除白介素2同学演示的图形外,该工具还支持更多其它的综合性的展示,下面这幅包含一些药物靶点等等,
    image.png
    预知更多细节,请自行继续探索。

    附上网址及参考文献:

    https://pathview.uncc.edu/

    参考文献:

    • *Luo W, Pant G, Bhavnasi YK, Blanchard SG, Brouwer C. Pathview Web: user friendly pathway visualization and data integration. Nucleic Acids Res, 2017, Web Server issue, doi: *10.1093/ nar/gkx372
    • *Luo W, Brouwer C. Pathview: an R/Biocondutor package for pathway-based data integration and visualization. Bioinformatics, 2013, 29(14):1830-1831, doi: *10.1093/bioinformatics/btt285

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