传统单细胞测序在一些方面存在挑战：
1、纵向研究或多队列研究等大型项目样本量大，在样本采集和样本运输方面面临着挑战；
2、传统单细胞测序无法对生物样本库中经过固定的存档样本进行研究，然而这些样本往往包含很多值得探究的重要信息；
3、有些实验设计需要开展时间点的分析，通常无法决定采集哪些样本、何时采集，样本先固定，之后就可进行单细胞的研究；
4、单个样本分析效率低、需要经费高；
5、由于细胞脆弱、RNase活性高，且生物反应快速，组织和细胞异质性的保留是一个挑战；
6、.……
Single Cell Gene Expression Flex （以下简称Flex）产品的推出完美的解决了上述问题，样本固定的同时锁定生物学状态，保存脆弱样本；使样本可以大规模、长时间、稳定的运输，大规模样本可以统一分析，减少配对样本之间的差异，多样本同时实验减少批次差异；有独特的探针设计，探针杂交的同时可以进行样本标记，实现多样本的混样，一定程度降低成本；此产品兼容FFPE样本。
01 Flex探针及原理介绍
Flex探针结构如下：
Flex检测原理不再是传统的Ploy (dT) 捕获mRNA Ploy A尾，而是设计有专门的一对探针，探针分为左臂和右臂两部分，左臂和右臂都是25个碱基，这50个碱基可以与待检测mRNA结合，同时在右臂设计有Probe Barcode，这是多样本进行标记的标签；pCS1（Partial Capture Sequence 1）则可与Gel Bead上一段序列进行互补，实现细胞Barcode标记。
02 Flex具体建库流程
03 Flex实验流程
Flex可进行单样本分析，也可进行多样本的分析；
单样本分析可结合Feature Barcode Technology 检测细胞表面蛋白，如果检测细胞表面蛋白，需要先将抗体标记到细胞表面，再进入到固定流程，具体流程如下：
样本固定(4%多聚甲醛)→探针杂交→机器标记分选→建库→测序→数据处理→结果可视化
多样本分析提供两种规格：4混和16混，具体流程如下：
样本固定(4%多聚甲醛)→探针杂交→混样→机器标记分选→建库→测序→数据处理→结果可视化
04 Flex适用样本类型
产品覆盖人18,000+个基因和小鼠19,000+个基因。对于FFPE样本，通过脱蜡和酶消化结合的方法将其制备成悬液，采用Flex配套试剂，即可进行FFPE样本的单细胞转录组测序并进一步进行各种细胞类型分析。
05 Flex样本储存
样本在固定之后和杂交之后可以进行储存：样本在固定之后可在4℃最多储存1周，在-20℃或者-80℃最多储存1个月；样本在杂交之后可在-20℃或者-80℃最多储存1个月。10X官方对于固定样本的储存稳定性做了测试，结果如下：
如图所示，在样本固定后不同时间下，主要细胞类型不受时间变化的影响，表明样本在固定后能够锁定细胞的生物学状态，实现便捷地运输和存储，从而缓解单细胞实验的对新鲜样本相对苛刻的条件限制。
10x官方也把固定样本做单细胞测序和传统的3’单细胞转录组测序进行了比较，结果如下：
从以上结果可以看出，两种方式检测的相关性比较好，并且Flex产品检测灵敏度相对于3’转录组更高，其基因检出与传统的3’转录组比相对要高。
Flex产品规格小结
1、匹配最新Chromium X机器和New Chip Q（缩短了时间，在5分半时间即可实现油包水过程，传统的3’和5’单细胞转录组需要18min）；
2、单样本流程：每个通道有效分析500-10,000个细胞，每张芯片运行多达8个样品和80,000个细胞；
3、混样分析流程：每个通道可混合分析多达16个样本和128,000个细胞; 每张芯片可运行128个样本和超过100万个细胞；
4、细胞大小灵活，无最低限制，但最大不超过30 μm；
5、兼容细胞、细胞核和FFPE样本；
6、细胞捕获率高达65%；
7、低多细胞率，每1000个细胞0.8%；一个通道充分混样时多细胞率为8%；
8、单样本试剂盒结合Feature Barcode Technology，可检测细胞表面蛋白。
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