利用GeneDoc美化同源比对结果

软件准备：
GeneDoc下载地址
http://www.jalview.org/getdown/release/
https://github.com/karlnicholas/GeneDoc 拉到最下面有个下载
GeneDoc HomePage (nrbsc.org)点击downlaod即可下载

一、二部分的教程可看B站视频：利用MEGA和GeneDoc软件进行序列比对并作图

一、利用MEGA-Ⅹ软件比对-导出fasta格式结果（data-export alignment-FASTA format）-得到.fas文件

二、用GeneDoc美化
打开GeneDoc软件-file-imput-默认格式-import

1、得到的最下面一排是所有物种的共同氨基酸，删除这行的方法： project-configure-no consensus

2、还是project的configure里：

修改每行氨基酸序列的数目

3、

调节字体大小
4、 修改颜色
点Fore和Back按钮，进入颜色自定义窗口，如下，可通过修改RGB数值分别自定义字母和字母背景的颜色。 image

如果觉得上面的配色太“清新脱俗”了，自己喜欢极简与克制，可以使用低饱和度的“性冷淡风”（Normcore）配色。如果不知道怎么配色，这里再推荐一个在线配色工具：ColorDrop。点击一下自己喜欢的配色，窗口右侧会自动展示所选配色方案的色号、RGB数值。

image

工具链接：

https://colordrop.io/

5、点击Project → Edit Sequences List，可以修改氨基酸序列的顺序或者修改序列名称。

修改序列名称

三、导出
1、PDF格式
软件的File菜单没有专门的导出图片的功能，不过可以通过打印功能导出PDF文件，注意驱动要选Adobe PDF或Microsoft Print to PDF，不要选打印机的驱动，如果你的电脑连打印机的话。

image

用这种方法导出图片，序列的长度是固定的，无法自定义的。
2、导出emf格式
不过，你还可以通过Edit菜单用鼠标点选自己想展示的区域（Blocks），如我这里选择前两段（Blocks，详见下面rtf的部分），然后Copy Selected Blocks to MetaFile（实际上就是Ctrl+C复制一下），然后将图元文件（emf格式）直接粘贴到Word或PPT中。如果是 MetaFile File是将emf矢量图文件导出到本地，之后再将emf图片插入到word或PPT中。
并且，emf格式的矢量图在PPT中也是可以编辑的，如下。这里不推荐在word中直接编辑，可能会很卡。

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3、导出导出rtf格式（不推荐）
不推荐大家导出RTF(富文本文件)格式，虽然是以文本的形式在word中展示，但序列容易错位，颜色会失真，效果会很差如下。 image

编辑好序列后，下面就是导出图片了。具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。

image

然后点一下序列，这样就选中了全部的序列，整个背景会变为黑色。

image

然后再点击 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File，即可导出.rtf文件，使用word即可打开该文件。

image

导出后文件如下：

image

如下。

image

其他高级功能可看：【四方居士】GD#11多序列比对美化软件GeneDoc底纹显示模式与分组功能
系列视频

作者：组学大讲堂
链接：https://www.jianshu.com/p/f7efa9e1af35
来源：简书
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推荐一款“性冷淡风”的序列展示工具_File (sohu.com)