scRNAseq R包公共单细胞数据获取

介绍

scRNAseq R 包提供了一个方便的方式来直接获取公共的单细胞数据。获取的单细胞数据以SingleCellExperiment 对象储存。

安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("scRNAseq")

使用

scRNAseq 貌似就两类函数。
一类是列举出，可支持获取的数据集。

data.ls <- listDatasets()

> head(data.ls)
DataFrame with 6 rows and 5 columns
               Reference  Taxonomy               Part    Number                   Call
             <character> <integer>        <character> <integer>            <character>
1 @aztekin2019identifi..      8355               tail     13199      AztekinTailData()
2 @bach2017differentia..     10090      mammary gland     25806      BachMammaryData()
3         @bacher2020low      9606            T cells    104417      BacherTCellData()
4   @baron2016singlecell      9606           pancreas      8569 BaronPancreasData('h..
5   @baron2016singlecell     10090           pancreas      1886 BaronPancreasData('m..
6       @bhaduri2020cell      9606 cortical organoids    242349  BhaduriOrganoidData()

Call 那一列是获取数据集的函数。
另一类就是获取数据集的函数，直接调用相应数据函数：

sce <- ZeiselBrainData()

> sce
class: SingleCellExperiment 
dim: 20006 3005 
metadata(0):
assays(1): counts
rownames(20006): Tspan12 Tshz1 ... mt-Rnr1 mt-Nd4l
rowData names(1): featureType
colnames(3005): 1772071015_C02 1772071017_G12 ... 1772066098_A12 1772058148_F03
colData names(10): tissue group # ... level1class level2class
reducedDimNames(0):
mainExpName: endogenous
altExpNames(2): ERCC repeat

第一次运行，会提示一下，问是否创建ExperimentHub文件夹来保存缓存数据。输入yes就好。

/home/jovyan/.cache/R/ExperimentHub
  does not exist, create directory? (yes/no):

下载好的数据，以后运行就会从缓存的数据集中读取。

每个数据集的对应的访问函数的参数，并不一样，使用时，可以查一下帮助文档。

添加数据

如果，你想给包添加数据，参考Adding new data sets

参考

https://bioconductor.org/packages/3.14/data/experiment/vignettes/scRNAseq/inst/doc/scRNAseq.html