PyMoL:使用b-factor将变量映射到蛋白质结构

#需要用到的python包

import numpy as np

from prody import *

bc=np.loadtxt("bc.txt")  #用文本文档格式储存一列想要展示的数据，这里是BC值

wt_aer=parsePDB("aer-wt-BC_as_bfactor.pdb") #读入PDB文件

wt_aer.setBetas(bc)  #关键步骤，将想要展示的数据与PDB融合

writePDB('aer-wt-BC_as_bfactor.pdb', wt_aer) #输出PDB​

将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示：

此时的蛋白质结构：

使用脚本调整一下颜色的范围（这些颜色名称在Color栏中都可以找到）

spectrum b, blue cyan yellow tv_orange orange tv_red red