Melonnpan 教程

第一步、软件安装

options(repos = structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
options(stringsAsFactors = F)
library(devtools)
devtools::install_version("GenABEL.data", version = "1.0.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")
devtools::install_version("GenABEL", version = "1.8-0", repos = "http://cran.us.r-project.org")
devtools::install_github("biobakery/melonnpan")

### 由于上面的方法安装没成功，所以采用的是Terminal终端的安装方式，
# git clone https://github.com/biobakery/melonnpan.git
# R CMD INSTALL melonnpan
library(melonnpan)

第二步、软件运行

下载好软件后，会在电脑上有melonnpan这个文件夹，这里面包括代码和示例文件：

图一 文件夹内容

• 参考教程内容，根据文件夹中提供的文件，对宏基因组相对丰度数据（，也就是说有UniRef90的ID，这样预测代谢物是不是会好一些，那为什么我自己用16S的细菌分类数据不能预测呢？还是说要用PICRUST预测结果来做？还没搞懂）
• 我是在运行窗口的Teriminal终端来运行代码的，所需文件在melonnpan/data下，文件名为melonnpan.test.data.txt，来看看长什么样

melonnpan.test.data.txt

• 运行代码：新建一个输出文件夹Output，

Rscript melonnpan/predict_metabolites.R -i m elonnpan/data/melonnpan.test.data.txt -o Output/

第三步、查看结果

结果文件保存在Output文件夹下，有两个文件。

• MelonnPan_Predicted_Metabolites.txt
• MelonnPan_RTSI.txt
  第一个文件包含预测的代谢物相对丰度，第二个文件记录每个样本的RTSI评分。目前，RTSI值只支持UniRef90基因家族

预测代谢物及其丰度 RTSI值

未完，待续...

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参考

[1] Predictive metabolomic profiling of microbial communities using amplicon or metagenomic sequences
[2] 软件官网
[3] 软件教程