Shazam

Shazam是一个开源软件工具，用于免疫球蛋白(Ig)序列中体细胞超突变(SHM)的高级分析。Shazam是适应性免疫受体库测序(AIRR-seq)免疫分析框架的一部分，这套框架包括一系列用于处理和分析高通量测序数据的工具，特别是对于B细胞和T细胞受体复合物序列的数据。

Shazam的主要功能包括：

1. SHM模型估计：Shazam能够从输入的免疫球蛋白序列数据中估计SHM模型。这包括识别和定量SHM事件的频率和类型（例如转换、转换和错配）。

2. 重组事件识别：Shazam可以识别和定量V(D)J重组事件，这些事件产生了多样性的免疫受体。

3. 突变率和选择压力分析：Shazam能够计算突变率，并分析免疫球蛋白序列中的选择压力。这包括识别可能受到正式或负选择压力的位点。

4. SHM热点和冷点分析：Shazam可以识别免疫球蛋白序列中的SHM热点和冷点，即突变频率异常高或低的区域。

5. 序列聚类：Shazam还可以对序列进行聚类，以识别克隆家族或其他序列群组。