day52 转录组 火山图

接着day51，继续作图：

cut_off_pvalue= 0.05
cut_off_logFC = 1  #改变倍数为2，即log2(2)=1
DEG$Sig = ifelse(DEG$pvalue < cut_off_pvalue & 
                abs(DEG$log2FoldChange) >= cut_off_logFC, 
                ifelse(DEG$log2FoldChange> cut_off_logFC ,'Up','Down'),'None')

说明
先设置pvalue和logFC的阈值
根据阈值分别为上调基因设置‘up’，下调基因设置‘Down’，无差异设置‘None’，保存到change列，change列是后面用来设置火山图点的颜色用。
log2FlodChange的数值是foldchange取了log2的值。比如foldchage为2，log2(2)=1，log2(4)=2, log2(1.5)=0.585，log2(1.2)=0.263。
log2(0.5)=-1, log2(0.25)=-2，log2(0.6667)=-0.585, log2(0.8333)=-0.263。
根据具体情况可以调整这个数值。

library(ggplot2)
ggplot(DEG, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(pvalue), colour=Sig)) +
  geom_point(alpha=0.4, size=3.5) +
  scale_color_manual(values=c("#546de5", "#d2dae2","#ff4757"))+
  # 辅助线
  geom_vline(xintercept=c(-1,1),lty=4,col="black",lwd=0.8) +
  geom_hline(yintercept = -log10(cut_off_pvalue),
             lty=4,col="black",lwd=0.8) +
  # 坐标轴
  labs(x="log2(Fold Change)",
       y="-log10 (P-value)")+
  theme_bw()+
  ggtitle("Volcano Plot")+
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5), 
        legend.position="right", 
        legend.title = element_blank()
  )

说明
上面命令中 log2FoldChange、pvalue和cut_off_pvalue几个参数可以做调整。