0. 系统环境

阿里云服务器
CentOS Linux release 7.2.1511
mission
安装软件
sratoolkit,fastqc,hisats2,samtools,htseq-count,R,Rstudio

一. 安装并配置conda

1.安装conda3

cd downloads
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh

会报错

Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh: line 343: bunzip2: command not found
tar: This does not look like a tar archive
tar: Exiting with failure status due to previous erro[roo[root@i[roo[roo[r[ro[ro[r[r[[[[r[[[[

谷歌后，安装bzip后问题解决

yum install -y bzip2
bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
in your /root/.bashrc ? [yes|no] >>> yes

2. 配置conda3

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
vim ~/.condarc #查看配置 
:wq#退出

二. 安装软件

1. 准备

conda install -p /path/for/biotools/
fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio,sratoolkit
先激活conda，在安装软件之前，先conda search以下看是否存在

source activate miniconda3/

2.安装

sratoolkit 下载，操作，验证NCBI SRA中二代测序数据
conda install -c daler sratoolkit
fastqc:二代测序数据质量分析软件
hisats2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
samtools:一种处理SAM、BAM文件的工具软件。BAM格式文件是存放高通量测序中比对结果的标准格式文件。存放高通量测序比对结果的标准格式.
star
conda install -c bioconda star
htseq
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
R

yum install epel-release
yum install R

安装成功

[root@localhost ~]# R

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R
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作者：jack_nichao 
来源：CSDN