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学习小组----mVISTA使用2

学习小组----mVISTA使用2

作者: 八段锦1134 | 来源:发表于2020-12-08 21:50 被阅读0次

    使用中的几点心得:
    1、除了在线版的,我们还可以在网站上填写信息申请离线的软件。但我试用了一下,需要先自己比对,然后要按照一定的格式来制作文件,当然你还必须得安装java才能运行软件;总之,我感觉没有在线版的方便。
    2、mVISTA的web服务器声明也接受GFF3格式的注释。
    NCBI网站上可以下载GFF3格式的文件,如下所示:



    注意:但是我下载后导入mVISTA,结果显示只注释了前面一半的基因,后一半序列没有注释,我也暂时没搞懂。所以,后来就在网上下了一个perl脚本,来自于简书的《mVISTA格式文件:由Perl脚本处理GenBank注释文件而来》,然后把NCBI上下载的参考序列的gb文件转换成了mVISTA格式文件,注释的这个问题就算解决了。
    3、我的VISTA Browser打不开(用IE浏览器打开,网页直接就未响应,可能是我电脑计算力太低了?搞不懂),所以我直接下载的pdf结果。pdf格式是矢量图格式(之前的文章里讨论过矢量图与位图的区别),因此就可以尽情编辑啦,只要你用的pdf编辑器有编辑功能(如下图所示),你就能随意调动那些基因注释的大小,改每条序列的名称等等。


    如果序列很长,修改地方很多,就要耐心点,一个一个的点击修改了

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