Java 运行环境 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装

目前，绝大多数生物信息数据分析 GUI 软件使用下述几门语言开发：

1. C++
2. Java
3. Python

由于 C++ 为编译型语言，编译后往往可得到可执行文件；类似的，python等常常使用 Qt 框架，开发后也可以打包或编译为可执行文件。两者开发出来的执行程序可以直接分发，分发后使用者直接双击就可以使用软件。
Java 与两者不同，绝大多数情况下，为了方便分发或早期跨平台支持，Java 开发出来的几乎所有软件都依赖于 JVM。简单来说，如果要实现双击可执行，那么需要自带 JVM 或环境中有 JVM。通常，我们说安装 Java，实际就是安装一个 Java 运行时环境。
许多常用生信软件依赖于 java环境，比如：

1. fastqc
2. gatk
3. figtree
4. stem
5. EasyCodeML
   ......

下述简单介绍如何安装 Java，以 Windows 为例，MacOS 用户可以参考。相关程序安装包已上传过到公共仓库，请自行下载。

打开其中Java文件夹

双击安装器即可，对于 MacOS 请自行选择

剩余其他一直下一步就可以了


安装完成，点击 关闭 即可

如此，就安装好了。
如要测试，直接win+R调出运行框。输入cmd

输入java -version

正常显示版本，说明安装完成。

写在最后

Java 主要是提供一个JVM，此处不做具体生信实践应用。至于共享软件仓库，请参考

https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44