Linux 环境下的软件安装
安装miniconda
miniconda 包含了常用生信软件包的软件商城
下载 miniconda (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)
uname -a
查询服务器为多少位,右键复制最新版本的miniconda的链接
cd biosoft
wget
右键粘贴链接
ls
显示文件名,右键复制文件名
bash
右键粘贴文件名
enter 或 yes
source ~/.bashrc
激活软件
conda
检查是否激活
使用清华镜像,输入代码
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
至此miniconda安装结束
从miniconda中下载软件
conda list
查看服务列表
conda search fastqc
搜索fastqc
conda install fastqc -y
安装fastqc
从miniconda中卸载软件
conda remove fastqc -y
卸载fastqc
建立名为rna-seq的conda环境
conda info --envs
查看当前conda环境,为默认,在base前
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
新建名为rna-seq的conda环境,并下载fastqc、trimmomatic
conda activate rna-seq
激活新的conda环境
conda info --envs
重新查看conda环境,转移到rna-seq上了
conda deactivate
退出当前环境,若查看则*为默认,重新回到base前
网友评论