美文网首页生信星球培训第六十四期
学习小组Day3笔记-陈冰雪

学习小组Day3笔记-陈冰雪

作者: 陈冰雪 | 来源:发表于2020-06-07 23:54 被阅读0次

    Linux 环境下的软件安装

    安装miniconda

    miniconda 包含了常用生信软件包的软件商城
    下载 miniconda (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)
    uname -a 查询服务器为多少位,右键复制最新版本的miniconda的链接
    cd biosoft
    wget右键粘贴链接
    ls 显示文件名,右键复制文件名
    bash 右键粘贴文件名
    enter 或 yes
    source ~/.bashrc 激活软件
    conda 检查是否激活
    使用清华镜像,输入代码

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    至此miniconda安装结束

    从miniconda中下载软件

    conda list查看服务列表
    conda search fastqc 搜索fastqc
    conda install fastqc -y 安装fastqc

    从miniconda中卸载软件

    conda remove fastqc -y 卸载fastqc

    建立名为rna-seq的conda环境

    conda info --envs查看当前conda环境,为默认,在base前
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建名为rna-seq的conda环境,并下载fastqc、trimmomatic
    conda activate rna-seq 激活新的conda环境
    conda info --envs重新查看conda环境,
    转移到rna-seq上了
    conda deactivate 退出当前环境,若查看则*为默认,重新回到base前

    相关文章

      网友评论

        本文标题:学习小组Day3笔记-陈冰雪

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/sydktktx.html