前段时间在一个学术交流群里看到有人提问Microbiome和Microbiota以及Metagenome之间的区别，回想了一下，Ken在上分子植物病理学的时候提了一嘴，当时听懂了，打算给人家解释一下，但话到嘴边又不知道该怎么说。

在网上搜了一下找到了一篇很棒的英文科普文章，作者是Leanne Edermaniger，尽管作者是以肠道微生物为例，但也很好的解释了biome和biota的区别，用于病理学大差不差。

我对原文进行了修改（删减和补充）和翻译，让建团师兄帮忙修正以后发了出来，提供给大家学习参考。

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1 什么是biome？

动物、植物，甚至海洋和土壤都有自己的由特定居民组成的生物群落。

我们的身体不仅仅是我们自己的，还是大量微生物的家园。如果你让多数人来定义微生物组（microbiome），其中少数可能会说它指的是生活在特定地方的细菌生态系统，甚至可能提到肠道。

对于科学家来说，生物群落是一个由动植物群组成的生态系统。他们使用“微”这个词来表示这个生态系统是人眼看不见的。它主要由细菌，但也包括病毒、古细菌和真菌组成（还包括原生动物、卵菌等），在维持环境稳定方面发挥作用 。

人类微生物组（human microbiome）包含数以万亿计的微生物，这些微生物可以根据它们的位置分成多个小部分。当我们说肠道微生物组（gut microbiome）时，我们指的是存在于结肠中的微生物（及其基因）。

但微生物组不仅仅是人类的一个特征——动物、植物、土壤和海洋也有自己的特征。不管你怎么看待它 ，肠道微生物组都对人类健康起着重要作用。

（肠道微生物组）它是数万亿微生物细胞的家园，是我们生物学的重要组成部分，发挥许多生理功能，帮助保持肠道内壁的完整性，并保护我们免受疾病的侵害。

2 Microbiome与Microbiota

尽管这两个术语可以交换使用，但微生物组（microbiome）和微生物群（microbiota）之间还是存在细微的差别。

在许多情况下，比如在本文章下，微生物组（microbiome）和微生物群（microbiota）通 常是同义词，但认为它们是独立的实体是情有可原的。

简单来说，对于研究人员，存在一些微小但相关的差异，正如营养学家和临床神经科学家 Miguel Toribio-Mateas 解释的那样：“虽然它们经常交换使用，但微生物群（microbiota）是真正的病菌，而微生物组（microbiome）是病菌及其基因。”

相比之下，肠道微生物群描述了大肠中存在的不同的微生物群，包括细菌、古细菌和病毒。它与人类一起进化到今天，彼此受益。

肠道微生物群中存在多种类型的细菌。然而，虽然之前估计人体中的细菌数量是人类细胞的10倍，但现在认为两者的数量大致相同。

一些细菌是有益的，因为它们为健康提供了必不可少的功能，例如生产维生素或丁酸盐。当其他的菌具有多种重要功能时会被认为是益生菌，如双歧杆菌和乳杆菌。

我们也有少量的机会主义微生物，如果它们不受其他微生物群的控制，它们就有能力让我们生病。最后，还有许多共生微生物，它们是无害的并在生态系统中与生物和谐共处。

3 Microbiome定义：与基因有关

生物学中的微生物组（microbiome）的定义是指微生物和其基因（以及环境） ，而微生物群（microbiota）仅指微生物本身。如果你只想谈论环境中的所有基因，它被称为宏基因组——它也是科学研究中常见的兴趣来源。

换句话说，当我们定义微生物组（microbiome）时，我们指的是微生物和其遗传物质，以及它们如何对（不对）人体健康起作用的。请记住，病原体也会构成你的一些微生物组，而不仅仅是有益或共生的微生物。

4 所以什么是Microbiota?

肠道微生物群（microbiota）的定义是指在特定环境中按类型发现的微生物，包括细菌、真菌、病毒、原生动物和古细菌，其多样性因人而异。

生物学专家的任务是在生命之树中分配名称和分类单元（等级），因而不同的细菌具有由称为分类学的学科分支确定的特有名称。

例如，益生菌鼠李糖乳杆菌实际上是乳杆菌属，属于厚壁菌门，而厚壁菌门属于细菌（与植物或动物不同）。

不同的细菌生活在身体的不同部位，喜欢不同的食物，并执行不同的功能。口腔中的口腔微生物群，具有许多子类别（腋窝、鼻子、脚等）的皮肤微生物群，以及肠道微生物群——当然还有许多其他微生物群。

5 为什么Microbiome很重要？

肠道中数以万亿计的细菌对我们的健康、新陈代谢甚至对于疾病的预防具有深远的影响。

当我们听到微生物、细菌或病毒这些词时，我们往往会想到一些不好的东西，但并非所有这些微生物都会引起疾病。事实上，我们依靠它们来执行我们可能无法完成的功能。

我们肠道中的细菌有助于分解我们食用的植物纤维，因为我们的身体无法为这项艰巨的任务产生足够的酶。由此，他们将碳水化合物转化为有益的代谢物，如丁酸盐和维生素。

类比到植物中，植物的微生物群在植物的生长发育、抗逆性等方面发挥着重要的作用。

6 Remember

微生物群（microbiota）指真实存在的微生物，而微生物组（microbiome）指微生物及其基因（与环境）。

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参考文献：

1. Amon, P and Sanderson, I, What is the microbiome? , 2017
2. Marchesi, J, R and Ravel, J., The Vocabulary of Microbiome Research: A Proposal, 2015
3. Thursby, E and Juge, N., Introduction to the Human Gut Microbiota, 2017
4. Ursell, L, K et al., Defining the Human Microbiome. 2013

除此之外，Leanne Edermaniger还有很多科普文章，可以用来学习英语哦~